Toutes les questions que vous vous posez sur MBB

Introduction

MBB platform

MBB est une plateforme de calcul et Web qui permet de lancer des jobs (soit des logiciels directement en ligne depuis un navigateur, soit avec un accès direct en SSH). Le but est de promouvoir les logiciels développés au sein des laboratoires du LabEx CeMEB mais aussi de donner aux personnels de ces laboratoires une puissance de calcul d'appoint dont ils ne disposent pas forcément. Cette plateforme mutualisée est hébergée physiquement au sein de l'ISEM par l'équipe calcul.

L'ouverture d'un compte est donc limitée aux personnels affiliés à l'un des instituts/laboratoires du LabEx CeMEB.

Comment ouvrir un compte pour un accès en ligne à MBB

Si vous êtes membre du LabEx, commencez par vérifier si vous avez un correspondant pour la plateforme MBB. Ce dernier pourra vous créer directement un compte (si ce n'est pas le cas, ce dernier prendra contact avec nous pour que nous lui expliquions comment faire et, le cas échéant, lui rajouter les droits nécessaires).

Vous pouvez aussi faire la demande directement ici. Pour la catégorie, choisir "Account creation for MBB (Website)" et n'oubliez pas de préciser votre laboratoire d'origine et votre équipe.

Lorsque vous aurez un compte, vous pourrez alors vous connecter dans l'interface Web de MBB, en haut à droite, par "Login".

Comment ouvrir un compte sur MBB pour un accès direct par SSH

Les connexions SSH sont un peu plus limitées, mais la demande de création d'un compte se fait de la même manière. Vous devez vous rendre ici. Précisez la catégorie "Account creation for MBB (SSH)". Dans le texte, indiquez quel est votre laboratoire et votre équipe. Un texte motivé est obligatoire.

Accès réseau.

Plusieurs possibilités s'offrent à vous:

  • vous êtes physiquement dans un laboratoire du LabEx CeMEB. Voir avec votre correspondant de laboratoire.
  • vous essayez de vous connecter de chez vous:
    • vous avec un compte à la faculté des Sciences; vous pouvez alors utiliser le VPN.
    • vous n'avez pas de compte à la Faculté des Sciences, mais vous avez une [adresse IP publique].

Comment utiliser le VPN de la Faculté des Sciences de Montpellier

Si vous essayez de vous connecter depuis chez vous, le plus simple consiste à utiliser le VPN de la Faculté des Sciences (Pour utiliser le VPN de la Faculté des Sciences, il vous suffit d'avoir un compte à la Faculté des Sciences):

Si vous n'avez pas de compte mail de l'UM2, essayez d'utiliser un autre VPN ou bien vérifiez que votre adresse est fixe/dynamique auprès de votre FAI (ou bien retournez régulièrement sur le site vous donnant votre adresse IP publique (voir le début de ce paragraphe) et vérifiez qu'elle reste la même (débranchez le réseau puis rebranchez-vous/redémarrez votre ordinateur...)).

Comment connaître son adresse IP publique

Une adresse IP publique fixe est nécessaire pour les accès de type SSH à la plateforme depuis l'extérieur de la Faculté des Sciences de Montpellier. Les adresses IP fournies par les fournisseurs d'accès à Internet sont souvent des adresses IP dynamiques.

Cette adresse doit être communiquée avec la demande de création de compte SSH.

Pour connaître la votre, le plus simple est de taper dans google "what is my IP"; vous tomberez alors sur de nombreux sites pouvant vous indiquer quelle est votre adresse IP publique du point de vue du protocole HTTP (pour un accès SSH, il se peut que cette adresse ne soit pas la même, mais c'est rarement le cas).

Comment se connecter par SSH selon votre système d'exploitation

  • Sur Linux, rien de plus simple : ouvrez un terminal, puis lancez:
    ssh nom_d_utilisateur@adresse_IP_du_cluster
    
    en remplaçant nom_d_utilisateur par votre nom d'utilisateur et adresse_IP_du_cluster par l'adresse qui vous sera indiquée lors de votre demande de compte). Si le client SSH n'est pas installé, le paquet se nomme OpenSSH.
  • Sur MacOS vous pouvez faire la même chose. Le client est normalement installé en standard.

Dans les deux cas, à votre première connexion, on vous demandera de rajouter une clé RSA/DSA. C'est tout à fait normal et vous devez l'accepter (en mettant "Y" pour Yes, par exemple...). Puis il vous faudra taper votre de mot de passe.

  • Sur Windows, il vous faudra télécharger un client SSH, comme par exemple Putty ou Tera Term. Sur ces logiciels, il vous faudra rentrer votre nom d'utilisateur et l'adresse du cluster. Choisissez SSH (le port par défaut est "22"), acceptez la clé puis tapez votre mot de passe.

Je suis connecté en SSH, mais je ne sais pas quoi ou comment faire maintenant

Le système d'exploitation sur lequel vous êtes désormais connecté est un linux 64 bits du type CentOS (dérivé de RedHat), nommé RocksCluster.

Vous vous êtes connecté sur le cluster et vous êtes maintenant dans votre espace personnel nommé Home Directory.

Pour les commandes de base, vous trouverez énormément de sites sur Internet qui parlent du bash linux (voir notre article). Une fois que vous savez naviguer dans les répertoires (cd), en créer (mkdir), en déplacer (mv), supprimer des fichiers ou des répertoires (rm), éditer des fichier (vi, nano...), lister le contenu des répertoires (ls), afficher le manuel ou l'aide d'une commande (man ma_commande, ma_commande --help (-h, -help)) vous connaîtrez les commandes les plus utiles/utilisées.

Comment connaître la liste des logiciels installés

Liste des logiciels installés sur le cluster (connexion ssh)

Merci de vous référer à cette documentation.

En cas de doute, vous pouvez nous poser la question en créant un ticket : http://kimura.univ-montp2.fr/aide/index.php?a=add

Liste des logiciels installés sur MBB Web

En ligne, on va parler de "Online Tools". Il s'agit en fait de "wrapper" qui vont pouvoir lancer des logiciels sur le cluster MBB. Pour avoir la liste des logiciels "wrappés", il vous suffit d'aller dans la catégorie Online Tools, de la section voulue, et de vérifier que le logiciel est dans la liste. Sinon, vous les avez tous ici

Comment installer un logiciel

Sur le cluster MBB

Merci de lire ce document

Si vous pensez que ce logiciel sera utile à beaucoup de personnes, vous pouvez aussi faire une demande d'installation de logiciel ici: http://kimura.univ-montp2.fr/aide/index.php?a=add Choisissez "MBB software installation (SSH)" comme catégorie pour le ticket. Merci de bien préciser l'adresse officielle du logiciel et de vérifier au préalable les conditions d'utilisation du logiciel (y a t'il une restriction d'utilisation, le besoin d'utiliser une licence non libre, spécifique... ? Ce logiciel peut-il s'installer sous Linux ?...).

Si au contraire, vous pensez que le logiciel ne sera (à priori) utilisé que par vous ou une poignée de personnes, il serait sûrement plus simple et logique de l'installer dans votre Home Directory.

Pour un accès en ligne

2 cas:

  • vous êtes développeur du logiciel: vous devez d'abord déterminer le niveau d'ouverture/de partage que vous voulez pour ce dernier, ainsi que le type d'actions réalisables au travers du site. En effet, peut-être désirez-vous uniquement que les sources soit disponibles en téléchargement (?) ou bien préférez-vous que le logiciel puisse être exécuté en ligne depuis un formulaire de soumission comme les autres Online Tools (avec un nombre d'options limitées ?). Peut-être avez-vous déjà réfléchi au cadre d'utilisation de votre logiciel et à la licence pour ce dernier ?
  • vous n'êtes pas développeur du logiciel mais vous souhaitez utiliser un logiciel bioinformatique sous Linux, directement en ligne dans un formulaire: vous devez vous renseigner sur le type de licence.

Dans les deux cas, vous devez en faire la demande auprès de l'équipe de la plateforme, toujours à la même adresse: http://kimura.univ-montp2.fr/aide/index.php?a=add Dans la catégorie, précisez "MBB software installation (Website - OnLine)", et dans le corps, précisez un maximum d'informations (voir les questions ci-dessus).

En SSH, sur le cluster, comment utiliser SGE - et à quoi ça sert

Tout programme doit être lancé par le gestionnaire de jobs installé sur le cluster SGE.

SGE permet de contrôler les jobs, avec un système de priorité et de contrôle des ressources disponibles.

Vous pouvez commencer par lire ces quelques articles:

Comment transférer des données vers/depuis MBB

Au travers d un accès au Cluster en SSH

Le plus simple consiste à utiliser les commandes directes scp ou sftp depuis un terminal en ligne de commande.

Si vous n'êtes pas très à l'aise avec l'utilisation des deux protocoles précédents, vous pouvez alors utiliser un client graphique comme filezilla: http://sourceforge.net/projects/filezilla/files/FileZilla_Client/

Dans ce cas, pensez à bien indiquer le protocole (par défaut, le protocole est FTP, mais ce dernier n'est pas disponible sur le cluster).

  • Si vous êtes sous MacOS, vous pouvez aussi opter pour cyberduck.
  • Si vous êtes sous Windows, WinSCP est également très répandu (SCP/SFTP en protocole par défaut),
  • Sinon vous avez aussi gFTP sous Linux (là aussi, il faudra pensez à bien indiquer le protocole).

Dans tous les cas, vous devrez vous connecter depuis ces clients (ou un autre client SCP/SFTP graphique non listé) sur le cluster avec votre nom d'utilisateur, votre mot de passe et vous devrez accepter la clé RSA/DSA du serveur.

Au travers de l accès en ligne

Allez dans "Data", en haut, ou sur "account" > "My Storage Space" puis "Add new File". Pour récupérer des données, il suffit de cliquer dessus ou sur le lien "download" associé.