format main script

main.sh

+
+###############################################################################
+## Here, we reproduce the bioinformatics workflow used by SPYGEN 
+## We improve its performance by adding parallelization and containerazition features.
+##
+## This workflow generates species environmental presence from raw eDNA data. 
+##
+## This workflow use the workflow management system SNAKEMAKE.
+## 
+##
+## Author : GUERIN Pierre-Edouard
+## Montpellier 2019-2020
+## 
+###############################################################################
+## Usage:
+##    bash main.sh
+##
+##
+###############################################################################
+
+
+###############################################################################
 ## assemble & demultiplex
 cd 01-assembly
 snakemake -s Snakefile -j 8 --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk" --latency-wait 120
 cd ..
+###############################################################################
 ## filter sequences
 cd 02-demultiplex
-snakemake -s Snakefile -j 8 --dry-run --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk" --latency-wait 120
+snakemake -s Snakefile -j 8 --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk" --latency-wait 120
 cd ..
+###############################################################################
 ## concatenate samples into run
 for run in `ls 02-demultiplex/03-cleaned/`;
 do cat 02-demultiplex/03-cleaned/${run}/*.c.r.l.u.fasta > 03-filtered/01-runs/${run}_run.fasta ;
 done
+###############################################################################
 ## taxonomic assignation & format
 cd 03-filtered
-snakemake -s Snakefile -j 8 --dry-run --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk" --latency-wait 120
+#snakemake -s Snakefile -j 8 --dry-run --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk" --latency-wait 120
+snakemake -s Snakefile -j 8 --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk" --latency-wait 120
 cd ..
 
-
+###############################################################################
 ## clean
-snakemake -s Snakefile --delete-all-output --dry-run
-snakemake -s Snakefile --delete-all-output
+#snakemake -s Snakefile --delete-all-output --dry-run
+#snakemake -s Snakefile --delete-all-output