Commit 99983d65 authored by peguerin's avatar peguerin
Browse files

add option config file

parent 01c9b19e
......@@ -14,21 +14,23 @@
###############################################################################
## Usage:
## CORE=16
## bash main.sh $CORES
## CONFIG_FILE="config.yaml"
## bash main.sh $CORES $CONFIG_FILE
##
##
###############################################################################
CORES=$1
CONFIG_FILE="config.yaml"
###############################################################################
## assemble & demultiplex
cd 01-assembly
snakemake -s Snakefile -j $CORES --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk --home $HOME" --latency-wait 120
snakemake -s Snakefile -j $CORES --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk --home $HOME" --latency-wait 120 --configfile "../"$CONFIGFILE
cd ..
###############################################################################
## filter sequences
cd 02-demultiplex
snakemake -s Snakefile -j $CORES --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk --home $HOME" --latency-wait 120
snakemake -s Snakefile -j $CORES --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk --home $HOME" --latency-wait 120 --configfile "../"$CONFIGFILE
cd ..
###############################################################################
## concatenate samples into run
......@@ -39,7 +41,7 @@ done
## taxonomic assignation & format
cd 03-filtered
#snakemake -s Snakefile -j 8 --dry-run --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk" --latency-wait 120
snakemake -s Snakefile -j $CORES --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk --home $HOME" --latency-wait 120
snakemake -s Snakefile -j $CORES --use-singularity --singularity-args "--bind /media/superdisk:/media/superdisk --home $HOME" --latency-wait 120 --configfile "../"$CONFIGFILE
cd ..
###############################################################################
......
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment