snakemake_only_obitools issueshttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_only_obitools/-/issues2020-10-09T14:26:10Zhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_only_obitools/-/issues/1Issue `obisplit`2020-10-09T14:26:10ZvmarquesIssue `obisplit`J'ai un soucis en lançant le pipeline à la première étape (je n'ai pas essayé les étapes suivantes).
L'assemblage se fait correctement, mais ça ne fonctionne plus à l'étape `oblisplit`.
Voici le log du nohup:
```
[Thu Aug 6 08:44:25...J'ai un soucis en lançant le pipeline à la première étape (je n'ai pas essayé les étapes suivantes).
L'assemblage se fait correctement, mais ça ne fonctionne plus à l'étape `oblisplit`.
Voici le log du nohup:
```
[Thu Aug 6 08:44:25 2020]
rule split_sequences:
input: 03-assign_sequences/180531_SN1126_A_L001_AIMI-18.ali.assigned.fastq
log: ../99-log/01-assembly/04-split_sequences/180531_SN1126_A_L001_AIMI-18.log
jobid: 4
wildcards: run=180531_SN1126_A_L001_AIMI-18
[Thu Aug 6 08:44:25 2020]
Error in rule split_sequences:
jobid: 4
log: ../99-log/01-assembly/04-split_sequences/180531_SN1126_A_L001_AIMI-18.log (check log file(s) for error message)
shell:
mkdir -p ../02-demultiplex/01-raw/180531_SN1126_A_L001_AIMI-18/; obisplit -p "../02-demultiplex/01-raw/180531_SN1126_A_L001_AIMI-18/" -t sample --fasta 03-assign_sequences/180531_SN1126_A_L001_AIMI-18.ali.assigned.fastq 2> ../99-log/01-assembly/04-split_sequences/180531_SN1126_A_L001_AIMI-18.log
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Complete log: /media/superdisk/edna/working/med_sea/snakemake_only_obitools/01-assembly/.snakemake/log/2020-08-05T101334.148600.snakemake.log
```
Et le log de la commande:
`vi ../99-log/01-assembly/04-split_sequences/180531_SN1126_A_L001_AIMI-18.log"`
```
/bin/bash: obisplit: command not found
```
Donc surement un soucis au niveau de l'accessibilité de cette commande via l'environnement `conda`?peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fr