snakemake_rapidrun_obitools issueshttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_obitools/-/issues2023-02-16T13:37:20Zhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_obitools/-/issues/17prepare_spygen.R: Add parameter "fastq file extension"2023-02-16T13:37:20Zmbrunoprepare_spygen.R: Add parameter "fastq file extension"mbrunombrunohttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_obitools/-/issues/10fastqc step2021-02-19T09:22:00Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frfastqc stepadd a fastqc step en amont + eventuellement factoriser le code pour que les folders n'apparaissent qu'une seule fois (trop artisianal lesrules)add a fastqc step en amont + eventuellement factoriser le code pour que les folders n'apparaissent qu'une seule fois (trop artisianal lesrules)https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_obitools/-/issues/9add job ressources control in config file2021-11-22T10:01:01Zvmarquesadd job ressources control in config filehttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_obitools/-/issues/5Too much data -- heavy files2022-04-01T12:41:42ZvmarquesToo much data -- heavy filesLa pipeline fonctionne, mais génère une très grosse quantité de données (chaque dossier est extrêmement lourd)
Il pourrait être nécessaire de vérifier quelles sont les données intermédiaires réellement nécessaires et d'automatiser la su...La pipeline fonctionne, mais génère une très grosse quantité de données (chaque dossier est extrêmement lourd)
Il pourrait être nécessaire de vérifier quelles sont les données intermédiaires réellement nécessaires et d'automatiser la suppression de certains fichiers pour alléger la place occupée sur les disquespeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fr