Error step 2 - merge reads
Il y a une erreur au tout début de la pipeline.
Au moment de merger les reads en utilisant la commande illuminapaired, les fichiers se créent bien mais l'opération s'arrête puis efface les fichiers car ils seraient 'corrupted'. Donc la pipeline s'arrête.
J'ai essayé en lançant la pipeline globale, puis uniquement l'étape 02_ pour un résultat semblable.
Error in rule illuminapairedend:
[Tue Jun 2 12:54:49 2020]
Error in rule illuminapairedend:
[Tue Jun 2 12:54:49 2020]
[Tue Jun 2 12:54:49 2020]
Removing output files of failed job illuminapairedend since they might be corrupted:
01_illuminapairedend/191017_SN234_A_L001_AIMI-148.fastq