Error running pipeline
J'ai une erreur en lançant ce pipeline sur un projet en particulier (les autres ont marché)
Le projet complet est là
/media/superdisk/edna/working/lengguru/snakemake_rapidrun_obitools
On dirait que l'erreur initiale provient d'une étape dont voici le log:
vi logs/10_goodlength_samples/Lengguru/teleo/180514_SND405_A_L002_AIMI-14/SPY181026_01.log
results/09_dereplicate_samples/Lengguru/teleo/180514_SND405_A_L002_AIMI-14/SPY181026_01.uniq.fasta 0.0 % |/ ] remain : 00:01:38^Mresults/09_dereplicate_samples/Lengguru/teleo/180514_SND405_A_L002_AIMI-14/SPY181026_01.uniq.fasta 0.0 % |- ] remain : 00:00:00^Mresults/09_dereplicate_samples/Lengguru/teleo/180514_SND405_A_L002_AIMI-14/SPY181026_01.uniq.fasta 0.0 % |\ ] remain : 00:00:01Traceback (most recent call last):
File "/media/superdisk/edna/working/lengguru/snakemake_rapidrun_obitools/.snakemake/conda/4d24d54c/bin/obigrep", line 42, in <module>
for seq in goodSeq(entries):
File "src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx", line 79, in sequenceFilterIterator
File "src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx", line 52, in obitools.options._bioseqfilter.filterGenerator.sequenceFilter
File "src/obitools/options/_bioseqfilter.pyx", line 53, in genexpr
File "<string>", line 1, in <module>
NameError: name 'seq_length' is not defined
Et le config exécuté est celui ci, je n'ai rien vu de manquant concernant les paramètres de longueurs de séquence
config/config_lengguru.yaml