snakemake_rapidrun_swarm issueshttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues2021-06-04T14:43:01Zhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/33Add multicore option for demultiplexing2021-06-04T14:43:01ZvmarquesAdd multicore option for demultiplexingpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/4Ajouter base de ref custom2021-06-04T08:13:52ZvmarquesAjouter base de ref customAmélioration à prévoir: une option pour assigner les séquences des MOTUs à une base de référérence custom, en plus de NCBI genbankAmélioration à prévoir: une option pour assigner les séquences des MOTUs à une base de référérence custom, en plus de NCBI genbankhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/27fastqc step2021-02-23T16:09:31Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frfastqc stepajouter une eetape fastqc en amontajouter une eetape fastqc en amonthttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/12Simplify data export2021-01-20T14:48:32ZvmarquesSimplify data exportPour l'instant, l'export des données est compliquée car se trouvent dans deux dossiers distincts: results/06_assignement/04_table/* ainsi que 05_clustering/02_otu_table/* avec des noms identiques pour tous les projets
Pour simplifier l...Pour l'instant, l'export des données est compliquée car se trouvent dans deux dossiers distincts: results/06_assignement/04_table/* ainsi que 05_clustering/02_otu_table/* avec des noms identiques pour tous les projets
Pour simplifier l'export des données du pipeline, il faudrait modifier deux éléments:
- mettre à jour le script rename.sh pour renommer les fichiers à exporter et les identifier correctement
- peut être rajouter une ligne de code pour bouger les fichiers d'intéret dans un dossier "final" pour faciliter leur téléchargement et limiter le risque d'erreurpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/5Change name files in 06_ folder2021-01-20T14:46:19ZvmarquesChange name files in 06_ folderSalut,
Je pense qu'un changement (mineur) qui se serait bien de faire serait de changer le nom des fichiers dans le folder 06_.
Car pour le moment ils sont rangés dans des dossiers distincts (ce qui est bien) mais ce serait encore mi...Salut,
Je pense qu'un changement (mineur) qui se serait bien de faire serait de changer le nom des fichiers dans le folder 06_.
Car pour le moment ils sont rangés dans des dossiers distincts (ce qui est bien) mais ce serait encore mieux si on pouvait nommer différemment chaque fichier, ça éviterait des erreurs futures quand on regroupe les données.
Par ex, si on se place la:
```
/media/superdisk/edna/working/santamarta_providencia/snakemake_rapidrun_swarm/06_assignment/01_ecotag
tree
```
On voit qu'on à ça:
```
├── Providencia
│ ├── chond
│ │ └── otu.tag.genbank.fasta
│ ├── teleo
│ │ └── otu.tag.genbank.fasta
│ └── vert
│ └── otu.tag.genbank.fasta
└── SantaMarta
├── chond
│ └── otu.tag.genbank.fasta
├── teleo
│ └── otu.tag.genbank.fasta
└── vert
└── otu.tag.genbank.fasta
```
Idéalement, dans Providencia_chond, son nom de fichier devrait être Providencia_chond_otu_tag_genbank.fasta
C'est valable pour tout le dossier 06_.
Je ne sais pas si c'est compliqué à changer car ces fichiers sont ré-utilisés à la suite de la pipeline.
Merci :)peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/15subworkflow2021-01-19T16:35:22Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frsubworkflowavoir un seul fichier snakemake qui execute tous les workflows en tant que subworkflowavoir un seul fichier snakemake qui execute tous les workflows en tant que subworkflowpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/9Ease the data download2021-01-19T10:51:45ZvmarquesEase the data downloadUne idée d'amélioration du pipeline:
Rajouter une ligne dans le fichier main.sh pour faciliter le téléchargement des deux fichiers qui sont l'output utile du pipeline.
Ils sont dans 04_clustering et 06_assignement et dans des dossier...Une idée d'amélioration du pipeline:
Rajouter une ligne dans le fichier main.sh pour faciliter le téléchargement des deux fichiers qui sont l'output utile du pipeline.
Ils sont dans 04_clustering et 06_assignement et dans des dossiers différents, c'est pénible à extraire.
Il faudrait juste une ligne et trouver comment mieux stocker ce groupe de outputs pour faciliter le téléchargementhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/1remove run or projet or sample using a file2020-02-06T13:36:00Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frremove run or projet or sample using a fileEn ce moment, pour le cas "malpelo fakarava" une ligne est écrite en dur dans le script pour enlever les run de guadeloupe de l'analyse.
Il faudrait que les run/projet/sample ou elements à enlever d'une analyse soit indiquer (type et va...En ce moment, pour le cas "malpelo fakarava" une ligne est écrite en dur dans le script pour enlever les run de guadeloupe de l'analyse.
Il faudrait que les run/projet/sample ou elements à enlever d'une analyse soit indiquer (type et valeur) dans un fichier à part et lu par le fichier au début de l'analyse.peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fr