snakemake_rapidrun_swarm issueshttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues2022-10-05T14:19:34Zhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/37prepare_spygen enhancements ideas2022-10-05T14:19:34Zvmarquesprepare_spygen enhancements ideasUne idée pour améliorer le script de prepare_spygen pour préparer les métadonnées:
- Supprimer la gestion des noms de projets comme déjà évoqué sur une autre issue
- Ajouter le renommage des échantillons assignés aux projets "Other" e...Une idée pour améliorer le script de prepare_spygen pour préparer les métadonnées:
- Supprimer la gestion des noms de projets comme déjà évoqué sur une autre issue
- Ajouter le renommage des échantillons assignés aux projets "Other" et aux contrôles PCR
Ce changement permettrait de facilement combiner des sources de données sans se soucier de renommer les samples Other, car il ne doit pas y avoir de duplicata de noms d'échantillons.
On pourrait nommer les noms d'échantillons Other par la combinaison des positions de plaque et du run.
Ex: Other_123 deviendrait Other_P1A1_AIMI-288
De cette façon, les noms d'échantillons Other seraient toujours uniques et on en amont, on ne se préoccupe pas du fait que ce soit unique ou non
Les contrôles PCR sont liés au projet analysés, mais leur nom est souvent similaires entre librairies. On pourrait les renommer de la même façon.
Ex: CPCR_12 deviendrait CPCR_P1A2_AIMI-250https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/34simplify workflow to have less steps and less heavy intermediate results2021-06-04T11:44:48Zvmarquessimplify workflow to have less steps and less heavy intermediate results- [x] remove "quality" steps
- [x] update schema
- [ ] update doc
- [ ] other ???- [x] remove "quality" steps
- [x] update schema
- [ ] update doc
- [ ] other ???https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/32prepare spygen file - ameliorations2021-04-22T14:09:51Zvmarquesprepare spygen file - ameliorations* [x] parametres alice file, dat file, le nom du projet
* [x] documentation
* [x] check mamm a disparu pour antarctique
* [x] factoriser liste des mots pour le projet other
* [x] factoriser liste des mots pour le projet notreprojet
* [ ...* [x] parametres alice file, dat file, le nom du projet
* [x] documentation
* [x] check mamm a disparu pour antarctique
* [x] factoriser liste des mots pour le projet other
* [x] factoriser liste des mots pour le projet notreprojet
* [ ] verifier que les dat ont des plaques-tags uniques
* [x] Other = OTHER
* [x] chercher la correspondance plaques-tags sur le dat du markerr qui correspond dans le fichier alice
* [x] les noms des marqueurs doivent pouvoir etre majuscule ou pas (y compris les noms des fichiers dat)https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/23run snakemake on cluster Sun Grid Engine MBB2021-01-19T16:42:58Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frrun snakemake on cluster Sun Grid Engine MBBVoir pour lancer des jobs sur le cluster MBB avec snakemake
https://snakemake.readthedocs.io/en/v3.13.2/executable.html#cluster-executionVoir pour lancer des jobs sur le cluster MBB avec snakemake
https://snakemake.readthedocs.io/en/v3.13.2/executable.html#cluster-executionhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/22deploy the workflow on ELIXIR cloud VM2021-01-19T16:41:35Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frdeploy the workflow on ELIXIR cloud VMSe renseigner sur les machines virtuelles et comment les utiliser sur https://elixir-europe.org/Se renseigner sur les machines virtuelles et comment les utiliser sur https://elixir-europe.org/https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/14add test unit2021-01-19T10:56:41Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fradd test unithttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/testing.htmlhttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/testing.htmlpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/13add benchmarks2021-01-12T15:32:49Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fradd benchmarkshttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/additional_features.htmlhttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/additional_features.htmlpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fr