snakemake_rapidrun_swarm issueshttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues2023-02-17T10:00:46Zhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/39OTU_contingency_table.py: ValueError: invalid mode: 'rU'2023-02-17T10:00:46ZmbrunoOTU_contingency_table.py: ValueError: invalid mode: 'rU'Traceback (most recent call last):
File "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_metazoa/scripts/OTU_contingency_table.py", line 233, in <module>
main()
File "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/s...Traceback (most recent call last):
File "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_metazoa/scripts/OTU_contingency_table.py", line 233, in <module>
main()
File "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_metazoa/scripts/OTU_contingency_table.py", line 205, in main
representatives = representatives_parse()
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_metazoa/scripts/OTU_contingency_table.py", line 31, in representatives_parse
with open(representatives_file, "rU") as representatives_file:
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
ValueError: invalid mode: 'rU'mbrunombrunohttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/38Could not create conda environment envs/env_scripts_python.yaml2023-02-16T14:15:45ZmbrunoCould not create conda environment envs/env_scripts_python.yaml```
CreateCondaEnvironmentException:
Could not create conda environment from /media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_teleo/rules/../envs/env_scripts_python.yaml:
Command:
mamba env create --quiet --file "/media...```
CreateCondaEnvironmentException:
Could not create conda environment from /media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_teleo/rules/../envs/env_scripts_python.yaml:
Command:
mamba env create --quiet --file "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_teleo/.snakemake/conda/4046e3c1fc4530fa00ed42fc07a0b6d4_.yaml" --prefix "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_teleo/.snakemake/conda/4046e3c1fc4530fa00ed42fc07a0b6d4_"
Output:
Could not solve for environment specs
Encountered problems while solving:
- package biopython-1.78-py310h7f8727e_0 is excluded by strict repo priority
```mbrunombrunohttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/37prepare_spygen enhancements ideas2022-10-05T14:19:34Zvmarquesprepare_spygen enhancements ideasUne idée pour améliorer le script de prepare_spygen pour préparer les métadonnées:
- Supprimer la gestion des noms de projets comme déjà évoqué sur une autre issue
- Ajouter le renommage des échantillons assignés aux projets "Other" e...Une idée pour améliorer le script de prepare_spygen pour préparer les métadonnées:
- Supprimer la gestion des noms de projets comme déjà évoqué sur une autre issue
- Ajouter le renommage des échantillons assignés aux projets "Other" et aux contrôles PCR
Ce changement permettrait de facilement combiner des sources de données sans se soucier de renommer les samples Other, car il ne doit pas y avoir de duplicata de noms d'échantillons.
On pourrait nommer les noms d'échantillons Other par la combinaison des positions de plaque et du run.
Ex: Other_123 deviendrait Other_P1A1_AIMI-288
De cette façon, les noms d'échantillons Other seraient toujours uniques et on en amont, on ne se préoccupe pas du fait que ce soit unique ou non
Les contrôles PCR sont liés au projet analysés, mais leur nom est souvent similaires entre librairies. On pourrait les renommer de la même façon.
Ex: CPCR_12 deviendrait CPCR_P1A2_AIMI-250https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/34simplify workflow to have less steps and less heavy intermediate results2021-06-04T11:44:48Zvmarquessimplify workflow to have less steps and less heavy intermediate results- [x] remove "quality" steps
- [x] update schema
- [ ] update doc
- [ ] other ???- [x] remove "quality" steps
- [x] update schema
- [ ] update doc
- [ ] other ???https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/32prepare spygen file - ameliorations2021-04-22T14:09:51Zvmarquesprepare spygen file - ameliorations* [x] parametres alice file, dat file, le nom du projet
* [x] documentation
* [x] check mamm a disparu pour antarctique
* [x] factoriser liste des mots pour le projet other
* [x] factoriser liste des mots pour le projet notreprojet
* [ ...* [x] parametres alice file, dat file, le nom du projet
* [x] documentation
* [x] check mamm a disparu pour antarctique
* [x] factoriser liste des mots pour le projet other
* [x] factoriser liste des mots pour le projet notreprojet
* [ ] verifier que les dat ont des plaques-tags uniques
* [x] Other = OTHER
* [x] chercher la correspondance plaques-tags sur le dat du markerr qui correspond dans le fichier alice
* [x] les noms des marqueurs doivent pouvoir etre majuscule ou pas (y compris les noms des fichiers dat)https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/29error empty files all.fasta step 14 & 152021-02-22T14:02:02Zvmarqueserror empty files all.fasta step 14 & 15Il y a une erreur qui stoppe le pipeline lorsque des fichiers sont vides à l'étape 14_projetmarker_cat_fasta
L'étape suivante de déréplication (15_projetmarker_dereplicate_sequences) se stoppe s'il trouve un fichier vide
Or parfois (da...Il y a une erreur qui stoppe le pipeline lorsque des fichiers sont vides à l'étape 14_projetmarker_cat_fasta
L'étape suivante de déréplication (15_projetmarker_dereplicate_sequences) se stoppe s'il trouve un fichier vide
Or parfois (dans les blancs uniquement probablement), on n'a aucune séquence à cette étape, ce qui est normal
A vérifier aussi que ça ne fasse pas planter le reste des étapes, car on a rarement testé la possibilité d'avoir un fichier nul à ce stade du pipeline
Voir le projet en question sur cette adresse:
```
/media/superdisk/edna/working/santamarta_providencia/snakemake_rapidrun_swarm
```https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/23run snakemake on cluster Sun Grid Engine MBB2021-01-19T16:42:58Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frrun snakemake on cluster Sun Grid Engine MBBVoir pour lancer des jobs sur le cluster MBB avec snakemake
https://snakemake.readthedocs.io/en/v3.13.2/executable.html#cluster-executionVoir pour lancer des jobs sur le cluster MBB avec snakemake
https://snakemake.readthedocs.io/en/v3.13.2/executable.html#cluster-executionhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/22deploy the workflow on ELIXIR cloud VM2021-01-19T16:41:35Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frdeploy the workflow on ELIXIR cloud VMSe renseigner sur les machines virtuelles et comment les utiliser sur https://elixir-europe.org/Se renseigner sur les machines virtuelles et comment les utiliser sur https://elixir-europe.org/https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/21RAPIDRUN mode tutorial2021-01-19T16:40:10Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frRAPIDRUN mode tutorialhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/20CLASSIC mode tutorial2021-11-22T10:03:17Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frCLASSIC mode tutorialhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/14add test unit2021-01-19T10:56:41Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fradd test unithttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/testing.htmlhttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/testing.htmlpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/13add benchmarks2021-01-12T15:32:49Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fradd benchmarkshttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/additional_features.htmlhttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/additional_features.htmlpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/10Correct core usage demultiplex2021-01-11T09:58:37ZvmarquesCorrect core usage demultiplexThe core usage of the demultiplex step does not respect the core limit set within the main.sh script
The step needs to only use a maximum of cores defined by the user on the main script and not all machine resourcesThe core usage of the demultiplex step does not respect the core limit set within the main.sh script
The step needs to only use a maximum of cores defined by the user on the main script and not all machine resourcespeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/8Documentation for singularity images2021-01-19T11:05:39ZvmarquesDocumentation for singularity imagesShould we add in the documentation of this repo the link to download the singularity images?Should we add in the documentation of this repo the link to download the singularity images?peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fr