snakemake_rapidrun_swarm issueshttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues2021-01-12T15:32:49Zhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/13add benchmarks2021-01-12T15:32:49Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fradd benchmarkshttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/additional_features.htmlhttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/additional_features.htmlpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/35add documentation python script (description files)2021-06-21T13:31:28Zvmarquesadd documentation python script (description files)https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/33Add multicore option for demultiplexing2021-06-04T14:43:01ZvmarquesAdd multicore option for demultiplexingpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/14add test unit2021-01-19T10:56:41Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fradd test unithttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/testing.htmlhttps://snakemake.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/testing.htmlpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/4Ajouter base de ref custom2021-06-04T08:13:52ZvmarquesAjouter base de ref customAmélioration à prévoir: une option pour assigner les séquences des MOTUs à une base de référérence custom, en plus de NCBI genbankAmélioration à prévoir: une option pour assigner les séquences des MOTUs à une base de référérence custom, en plus de NCBI genbankhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/5Change name files in 06_ folder2021-01-20T14:46:19ZvmarquesChange name files in 06_ folderSalut,
Je pense qu'un changement (mineur) qui se serait bien de faire serait de changer le nom des fichiers dans le folder 06_.
Car pour le moment ils sont rangés dans des dossiers distincts (ce qui est bien) mais ce serait encore mi...Salut,
Je pense qu'un changement (mineur) qui se serait bien de faire serait de changer le nom des fichiers dans le folder 06_.
Car pour le moment ils sont rangés dans des dossiers distincts (ce qui est bien) mais ce serait encore mieux si on pouvait nommer différemment chaque fichier, ça éviterait des erreurs futures quand on regroupe les données.
Par ex, si on se place la:
```
/media/superdisk/edna/working/santamarta_providencia/snakemake_rapidrun_swarm/06_assignment/01_ecotag
tree
```
On voit qu'on à ça:
```
├── Providencia
│ ├── chond
│ │ └── otu.tag.genbank.fasta
│ ├── teleo
│ │ └── otu.tag.genbank.fasta
│ └── vert
│ └── otu.tag.genbank.fasta
└── SantaMarta
├── chond
│ └── otu.tag.genbank.fasta
├── teleo
│ └── otu.tag.genbank.fasta
└── vert
└── otu.tag.genbank.fasta
```
Idéalement, dans Providencia_chond, son nom de fichier devrait être Providencia_chond_otu_tag_genbank.fasta
C'est valable pour tout le dossier 06_.
Je ne sais pas si c'est compliqué à changer car ces fichiers sont ré-utilisés à la suite de la pipeline.
Merci :)peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/17CLASSIC mode confuse {marker} and {run} wildcards2021-01-19T16:37:15Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frCLASSIC mode confuse {marker} and {run} wildcardshttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/20CLASSIC mode tutorial2021-11-22T10:03:17Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frCLASSIC mode tutorialhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/10Correct core usage demultiplex2021-01-11T09:58:37ZvmarquesCorrect core usage demultiplexThe core usage of the demultiplex step does not respect the core limit set within the main.sh script
The step needs to only use a maximum of cores defined by the user on the main script and not all machine resourcesThe core usage of the demultiplex step does not respect the core limit set within the main.sh script
The step needs to only use a maximum of cores defined by the user on the main script and not all machine resourcespeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/38Could not create conda environment envs/env_scripts_python.yaml2023-02-16T14:15:45ZmbrunoCould not create conda environment envs/env_scripts_python.yaml```
CreateCondaEnvironmentException:
Could not create conda environment from /media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_teleo/rules/../envs/env_scripts_python.yaml:
Command:
mamba env create --quiet --file "/media...```
CreateCondaEnvironmentException:
Could not create conda environment from /media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_teleo/rules/../envs/env_scripts_python.yaml:
Command:
mamba env create --quiet --file "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_teleo/.snakemake/conda/4046e3c1fc4530fa00ed42fc07a0b6d4_.yaml" --prefix "/media/superdisk/edna/working/MedPorteDNA/snakemake_rapidrun_swarm_teleo/.snakemake/conda/4046e3c1fc4530fa00ed42fc07a0b6d4_"
Output:
Could not solve for environment specs
Encountered problems while solving:
- package biopython-1.78-py310h7f8727e_0 is excluded by strict repo priority
```mbrunombrunohttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/2demultiplexing steps: qual files2020-02-06T10:54:52Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frdemultiplexing steps: qual filesCertains fichiers `.qual` n'ont pas 3 élements par ligne comme cet exemple:
```...
['aec5f48b2be43062250c5a82c8453dbedd50ce1f', '0.0096', '110']
['ba7915c5069991631847cc79e77cb55c225ac684', '0.0094', '110']
['bf89eac91df2d21248e5e6ee7e2...Certains fichiers `.qual` n'ont pas 3 élements par ligne comme cet exemple:
```...
['aec5f48b2be43062250c5a82c8453dbedd50ce1f', '0.0096', '110']
['ba7915c5069991631847cc79e77cb55c225ac684', '0.0094', '110']
['bf89eac91df2d21248e5e6ee7e23ea61b9b4f980', '0.0129', '110']
['daa396e32c223dc895e78b1fb69de61c574c7000', '1.9574', '110']
['f212ee4dc9c46b6504037562c5d31436f0da3f1e', '0.6555', '110']
['48a77dccf9f78106.0050', '63']
```
Le bug semble être généré lors de la création des fichiers `.tmp` au demultiplexing.peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/22deploy the workflow on ELIXIR cloud VM2021-01-19T16:41:35Zpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frdeploy the workflow on ELIXIR cloud VMSe renseigner sur les machines virtuelles et comment les utiliser sur https://elixir-europe.org/Se renseigner sur les machines virtuelles et comment les utiliser sur https://elixir-europe.org/https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/8Documentation for singularity images2021-01-19T11:05:39ZvmarquesDocumentation for singularity imagesShould we add in the documentation of this repo the link to download the singularity images?Should we add in the documentation of this repo the link to download the singularity images?peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/9Ease the data download2021-01-19T10:51:45ZvmarquesEase the data downloadUne idée d'amélioration du pipeline:
Rajouter une ligne dans le fichier main.sh pour faciliter le téléchargement des deux fichiers qui sont l'output utile du pipeline.
Ils sont dans 04_clustering et 06_assignement et dans des dossier...Une idée d'amélioration du pipeline:
Rajouter une ligne dans le fichier main.sh pour faciliter le téléchargement des deux fichiers qui sont l'output utile du pipeline.
Ils sont dans 04_clustering et 06_assignement et dans des dossiers différents, c'est pénible à extraire.
Il faudrait juste une ligne et trouver comment mieux stocker ce groupe de outputs pour faciliter le téléchargementhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/7Erreur lancement clustering2020-04-28T15:01:43ZvmarquesErreur lancement clusteringSalut,
J'ai encore un bug avec la pipeline..
Je relance tout Malpelo-fakarava sur la pipeline de snakemake rapid run car j'ai rajouté les contrôles PCR qui avaient été omis avant, et qu'on regroupe toutes les données au propre pour l...Salut,
J'ai encore un bug avec la pipeline..
Je relance tout Malpelo-fakarava sur la pipeline de snakemake rapid run car j'ai rajouté les contrôles PCR qui avaient été omis avant, et qu'on regroupe toutes les données au propre pour l'analyse globale.
Je ne comprend pas pourquoi l'analyse se stoppe au moment du clustering (etape 05_)
Voici le log du nohop (visible ici `/media/superdisk/edna/working/malpelo_fakarava/snakemake_rapidrun_swarm`)
```
/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/snakemake-5.6.0+8.g89bc383f-py3.6.egg/snakemake/workflow.py:30: SettingWithCopyWarning:
A value is trying to be set on a copy of a slice from a DataFrame.
Try using .loc[row_indexer,col_indexer] = value instead
See the caveats in the documentation: https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/indexing.html#returning-a-view-versus-a-copy
from snakemake.utils import update_config
Building DAG of jobs...
MissingInputException in line 40 of /media/superdisk/edna/working/malpelo_fakarava/snakemake_rapidrun_swarm/05_clustering/Snakefile:
Missing input files for rule all:
02_otu_table/Malpelo/mamm/all.otu.csv
02_otu_table/Other/teleo/all.otu.csv
02_otu_table/Fakarava/vert/all.otu.csv
02_otu_table/Malpelo/chond/all.otu.csv
02_otu_table/Fakarava/teleo/all.otu.csv
02_otu_table/Fakarava/mamm/all.otu.csv
02_otu_table/Malpelo/teleo/all.otu.csv
02_otu_table/Fakarava/chond/all.otu.csv
02_otu_table/Malpelo/vert/all.otu.csv
projet marker projMark
0 Fakarava chond Fakarava/chond
1 Fakarava chond Fakarava/chond
2 Fakarava chond Fakarava/chond
3 Fakarava chond Fakarava/chond
4 Fakarava chond Fakarava/chond
... ... ... ...
1790 Malpelo vert Malpelo/vert
1791 Malpelo vert Malpelo/vert
1792 Malpelo vert Malpelo/vert
1793 Malpelo vert Malpelo/vert
1794 Malpelo vert Malpelo/vert
[1795 rows x 3 columns]
/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/snakemake-5.6.0+8.g89bc383f-py3.6.egg/snakemake/workflow.py:30: SettingWithCopyWarning:
A value is trying to be set on a copy of a slice from a DataFrame.
Try using .loc[row_indexer,col_indexer] = value instead
See the caveats in the documentation: https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/indexing.html#returning-a-view-versus-a-copy
from snakemake.utils import update_config
Building DAG of jobs...
MissingInputException in line 7 of /media/superdisk/edna/working/malpelo_fakarava/snakemake_rapidrun_swarm/00_rules/assignment.smk:
Missing input files for rule taxonomic_assign:
../05_clustering/03_otu_fasta/Fakarava/chond/all.otu.fasta
projet marker projMark
0 Fakarava chond Fakarava/chond
1 Fakarava chond Fakarava/chond
2 Fakarava chond Fakarava/chond
3 Fakarava chond Fakarava/chond
4 Fakarava chond Fakarava/chond
... ... ... ...
1790 Malpelo vert Malpelo/vert
1791 Malpelo vert Malpelo/vert
1792 Malpelo vert Malpelo/vert
1793 Malpelo vert Malpelo/vert
1794 Malpelo vert Malpelo/vert
[1795 rows x 3 columns]
Error: Snakefile "Snakefile" not found.
```
A priori il y a des fichiers manquants, mais c'est normal car ils doivent être créer après d'après les rules définies.
J'ai l'impression qu'il ne lance pas les premières règles du clustering, d'où les fichiers qui apparaissent comme manquants, mais je ne comprend pas pourquoi.
Tout s'est très bien passé jusque là (étape de cat en 04_).
Mercipeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/6Erreur merging guadeloupe2020-10-09T13:10:22ZvmarquesErreur merging guadeloupeSalut,
Je dois relancer des analyses rapidrun pour avoir les résultats sur toutes les campagnes et tous les marqueurs, et j'ai des soucis avec un bug sous la pipeline snakemake.
Dès la première étape, cad le merging des R1/R2.
Le p...Salut,
Je dois relancer des analyses rapidrun pour avoir les résultats sur toutes les campagnes et tous les marqueurs, et j'ai des soucis avec un bug sous la pipeline snakemake.
Dès la première étape, cad le merging des R1/R2.
Le plus étrange étant qu'on a déjà runner le jeu de données sous l'ancienne pipeline non optimisé, et ça n'avait pas révélé de problème le merging avait fonctionné.
Le bug semble révéler un soucis dans le fichier de base, ce qui est étonnant du coup.
```
cd /media/superdisk/edna/working/guadeloupe/snakemake_rapidrun_swarm/99_log/02_assembly/01_merge_fastq
vi 180504_SND405_A_L002_AIMI-11.log
Fatal error: Invalid line 649066232 in FASTQ file: Sequence and quality lines must be equally long
```
Voir sur la pipeline précédente, le merging avait fonctionné...
```
cd /media/superdisk/edna/working/guadeloupe/motus_swarm
```
Il me semble qu'on avait déjà eu ce genre de problèmes.
J'ai pensé à un soucis de copier/coller mal fait, mais pas moyen de mettre la main sur les sauvegardes, tu en avais fais lors de la reboot du server non?
On dirait que les fichiers de la Guadeloupe n'ont pas sauvegardés sur le serveur megafauna...
Voici la localisation des données brutes pour avoir le nom des runs:
```
cd /media/superdisk/edna/donnees/ngs/Guadeloupe
```peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/29error empty files all.fasta step 14 & 152021-02-22T14:02:02Zvmarqueserror empty files all.fasta step 14 & 15Il y a une erreur qui stoppe le pipeline lorsque des fichiers sont vides à l'étape 14_projetmarker_cat_fasta
L'étape suivante de déréplication (15_projetmarker_dereplicate_sequences) se stoppe s'il trouve un fichier vide
Or parfois (da...Il y a une erreur qui stoppe le pipeline lorsque des fichiers sont vides à l'étape 14_projetmarker_cat_fasta
L'étape suivante de déréplication (15_projetmarker_dereplicate_sequences) se stoppe s'il trouve un fichier vide
Or parfois (dans les blancs uniquement probablement), on n'a aucune séquence à cette étape, ce qui est normal
A vérifier aussi que ça ne fasse pas planter le reste des étapes, car on a rarement testé la possibilité d'avoir un fichier nul à ce stade du pipeline
Voir le projet en question sur cette adresse:
```
/media/superdisk/edna/working/santamarta_providencia/snakemake_rapidrun_swarm
```https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/25error rule duplicate samples2021-02-22T14:03:06Zvmarqueserror rule duplicate samplesHello! Je suis en train de tout re-runner et j’ai un petit soucis pour un pipeline, je comprend pas bien l’erreur (sur swarm)
```
WorkflowError in line 287 of /media/superdisk/edna/working/eparses/snakemake_rapidrun_swarm/Snakefile:
Du...Hello! Je suis en train de tout re-runner et j’ai un petit soucis pour un pipeline, je comprend pas bien l’erreur (sur swarm)
```
WorkflowError in line 287 of /media/superdisk/edna/working/eparses/snakemake_rapidrun_swarm/Snakefile:
Duplicate output file pattern in rule checkpoint_demultiplexed_samples_fastq. First two duplicate for entries 767 and 1127
File "/media/superdisk/edna/working/eparses/snakemake_rapidrun_swarm/Snakefile", line 287, in <module>
```
on dirait que ça veut dire qu’on a duplicat des noms de samples, mais quand je vérifie sur le fichier all_samples.csv, je n’en vois pas...
voici la localisation du dossier où l’erreur est apparue
/media/superdisk/edna/working/eparses/snakemake_rapidrun_swarm
et le all_samples
`/media/superdisk/edna/donnees/ngs/Eparses/metadata/all_samples.csv`
`sort all_samples.csv | uniq --count --repeated`peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frhttps://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/28error running one project2021-02-22T12:38:43Zvmarqueserror running one projectJ'ai une erreur en lançant le workflow sur les données antarctique, ça vient du début du code sur la création de all_demultiplex.csv en python
```
IndexError in line 179 of /media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_sw...J'ai une erreur en lançant le workflow sur les données antarctique, ça vient du début du code sur la création de all_demultiplex.csv en python
```
IndexError in line 179 of /media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/Snakefile:
index 0 is out of bounds for axis 0 with size 0
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/Snakefile", line 179, in <module>
RAPIDRUN data: many markers for many runs
```
localisation
`/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm`https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/edna/snakemake_rapidrun_swarm/-/issues/31error when running pipeline project2021-06-04T09:37:20Zvmarqueserror when running pipeline projecti have an error when i run the project antarctique
on the last release using the custom python script to add the blank filters
see there
```
/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm
```
the error codes gives...i have an error when i run the project antarctique
on the last release using the custom python script to add the blank filters
see there
```
/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm
```
the error codes gives this
```
Traceback (most recent call last):
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/bin/cutadapt", line 10, in <module>
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__main__.py", line 845, in main_cli
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__main__.py", line 899, in main
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__main__.py", line 437, in open_output_files
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__main__.py", line 504, in open_demultiplex_out
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/utils.py", line 167, in xopen
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/xopen/__init__.py", line 615, in xopen
OSError: [Errno 24] Too many open files: 'results/intermediates/03_demultiplex_tag/Blank/vert/blank_vert_201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274_253.fastq'
Traceback (most recent call last):
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/bin/cutadapt", line 10, in <module>
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__main__.py", line 845, in main_cli
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__main__.py", line 899, in main
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__main__.py", line 437, in open_output_files
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__main__.py", line 504, in open_demultiplex_out
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/utils.py", line 167, in xopen
File "/media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8/lib/python3.8/site-packages/xopen/__init__.py", line 615, in xopen
OSError: [Errno 24] Too many open files: 'results/intermediates/03_demultiplex_tag/Blank/vert/blank_vert_201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270_254.fastq'
[Fri Feb 26 19:27:58 2021]
Error in rule demultiplex_tag:
jobid: 33750
output: results/intermediates/03_demultiplex_tag/flags/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274_demultiplex_tag.done
log: logs/intermediates/03_demultiplex_tag/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274.log (check log file(s) for error message)
conda-env: /media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8
shell:
cutadapt -m 20 --revcomp -O 8 --discard-untrimmed -g file:results/intermediates/01_settings/barcodes/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274.fasta results/intermediates/02_merge_fastq/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274.fastq -o {name}.fastq > logs/intermediates/03_demultiplex_tag/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274.log
wait
bash scripts/cp_duplicated_barcode.sh results/intermediates/01_settings/barcodes/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274_duplicated.csv
wait
bash scripts/check_missing_files.sh results/intermediates/01_settings/barcodes/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274.fasta >> logs/intermediates/03_demultiplex_tag/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274.log
wait
touch results/intermediates/03_demultiplex_tag/flags/201019_NB501850_A_L1-4_AIMI-274_demultiplex_tag.done
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)
[Fri Feb 26 19:27:58 2021]
Error in rule demultiplex_tag:
jobid: 33746
output: results/intermediates/03_demultiplex_tag/flags/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270_demultiplex_tag.done
log: logs/intermediates/03_demultiplex_tag/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270.log (check log file(s) for error message)
conda-env: /media/superdisk/edna/working/antarctique/snakemake_rapidrun_swarm/.snakemake/conda/23ff45b8
shell:
cutadapt -m 20 --revcomp -O 8 --discard-untrimmed -g file:results/intermediates/01_settings/barcodes/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270.fasta results/intermediates/02_merge_fastq/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270.fastq -o {name}.fastq > logs/intermediates/03_demultiplex_tag/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270.log
wait
bash scripts/cp_duplicated_barcode.sh results/intermediates/01_settings/barcodes/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270_duplicated.csv
wait
bash scripts/check_missing_files.sh results/intermediates/01_settings/barcodes/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270.fasta >> logs/intermediates/03_demultiplex_tag/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270.log
wait
touch results/intermediates/03_demultiplex_tag/flags/201104_NB501850_A_L1-4_AIMI-270_demultiplex_tag.done
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)
```peguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.frpeguerinpierre-edouard.guerin@cefe.cnrs.fr