probleme demultiplexing
bug découvert par Virginie Marques:
C’est bon je pense que j’ai trouvé
il faut modifié le fichier qui gère les linked adapter et rajouter un code pour lui dire que l’overlap doit être complet, il semble pas le gérer en défaut
"AACCTAGC;min_overlap=8...GCTAGGTT;min_overlap=8"
je veux bien que tu fasses des tests aussi si tu peux/as le temps car je suis pas à l’abri d’avoir fait une connerie et loupé qqchose
il y a rien a changé d’autre uqe ça normalement, j’ai testé plein d’autres options en -- mais juste rajouter l’overlap ça fonctionne
la valeur de 8 c’est la longueur des nucléotides du tag
ou sinon, à priori, rajouter -O 8 c’est un raccourci
dans la commande
pour éviter de modifier le texte des linked adapters
j’espère vraiment en voir le bout des merdes du demultiplex, cutadapt a de drôles de valeurs par défaut