GitLab

bug découvert par Virginie Marques:

C’est bon je pense que j’ai trouvé

il faut modifié le fichier qui gère les linked adapter et rajouter un code pour lui dire que l’overlap doit être complet, il semble pas le gérer en défaut

"AACCTAGC;min_overlap=8...GCTAGGTT;min_overlap=8"

je veux bien que tu fasses des tests aussi si tu peux/as le temps car je suis pas à l’abri d’avoir fait une connerie et loupé qqchose

il y a rien a changé d’autre uqe ça normalement, j’ai testé plein d’autres options en -- mais juste rajouter l’overlap ça fonctionne

la valeur de 8 c’est la longueur des nucléotides du tag

ou sinon, à priori, rajouter -O 8 c’est un raccourci

dans la commande

pour éviter de modifier le texte des linked adapters

j’espère vraiment en voir le bout des merdes du demultiplex, cutadapt a de drôles de valeurs par défaut