error empty files all.fasta step 14 & 15

Il y a une erreur qui stoppe le pipeline lorsque des fichiers sont vides à l'étape 14_projetmarker_cat_fasta

L'étape suivante de déréplication (15_projetmarker_dereplicate_sequences) se stoppe s'il trouve un fichier vide

Or parfois (dans les blancs uniquement probablement), on n'a aucune séquence à cette étape, ce qui est normal

A vérifier aussi que ça ne fasse pas planter le reste des étapes, car on a rarement testé la possibilité d'avoir un fichier nul à ce stade du pipeline

Voir le projet en question sur cette adresse:

/media/superdisk/edna/working/santamarta_providencia/snakemake_rapidrun_swarm