GitLab

Une idée pour améliorer le script de prepare_spygen pour préparer les métadonnées:

• Supprimer la gestion des noms de projets comme déjà évoqué sur une autre issue
• Ajouter le renommage des échantillons assignés aux projets "Other" et aux contrôles PCR

Ce changement permettrait de facilement combiner des sources de données sans se soucier de renommer les samples Other, car il ne doit pas y avoir de duplicata de noms d'échantillons. On pourrait nommer les noms d'échantillons Other par la combinaison des positions de plaque et du run. Ex: Other_123 deviendrait Other_P1A1_AIMI-288 De cette façon, les noms d'échantillons Other seraient toujours uniques et on en amont, on ne se préoccupe pas du fait que ce soit unique ou non

Les contrôles PCR sont liés au projet analysés, mais leur nom est souvent similaires entre librairies. On pourrait les renommer de la même façon. Ex: CPCR_12 deviendrait CPCR_P1A2_AIMI-250