GitLab

Salut,

Je pense qu'un changement (mineur) qui se serait bien de faire serait de changer le nom des fichiers dans le folder 06_.

Car pour le moment ils sont rangés dans des dossiers distincts (ce qui est bien) mais ce serait encore mieux si on pouvait nommer différemment chaque fichier, ça éviterait des erreurs futures quand on regroupe les données.

Par ex, si on se place la:

/media/superdisk/edna/working/santamarta_providencia/snakemake_rapidrun_swarm/06_assignment/01_ecotag
tree

On voit qu'on à ça:

├── Providencia
│   ├── chond
│   │   └── otu.tag.genbank.fasta
│   ├── teleo
│   │   └── otu.tag.genbank.fasta
│   └── vert
│       └── otu.tag.genbank.fasta
└── SantaMarta
    ├── chond
    │   └── otu.tag.genbank.fasta
    ├── teleo
    │   └── otu.tag.genbank.fasta
    └── vert
        └── otu.tag.genbank.fasta

Idéalement, dans Providencia_chond, son nom de fichier devrait être Providencia_chond_otu_tag_genbank.fasta C'est valable pour tout le dossier 06_.

Je ne sais pas si c'est compliqué à changer car ces fichiers sont ré-utilisés à la suite de la pipeline.

Merci :)