GitLab

Salut,

Je dois relancer des analyses rapidrun pour avoir les résultats sur toutes les campagnes et tous les marqueurs, et j'ai des soucis avec un bug sous la pipeline snakemake. 

Dès la première étape, cad le merging des R1/R2.  Le plus étrange étant qu'on a déjà runner le jeu de données sous l'ancienne pipeline non optimisé, et ça n'avait pas révélé de problème le merging avait fonctionné.

Le bug semble révéler un soucis dans le fichier de base, ce qui est étonnant du coup.

cd /media/superdisk/edna/working/guadeloupe/snakemake_rapidrun_swarm/99_log/02_assembly/01_merge_fastq
vi 180504_SND405_A_L002_AIMI-11.log 

Fatal error: Invalid line 649066232 in FASTQ file: Sequence and quality lines must be equally long

Voir sur la pipeline précédente, le merging avait fonctionné...

cd /media/superdisk/edna/working/guadeloupe/motus_swarm

Il me semble qu'on avait déjà eu ce genre de problèmes. J'ai pensé à un soucis de copier/coller mal fait, mais pas moyen de mettre la main sur les sauvegardes, tu en avais fais lors de la reboot du server non?
On dirait que les fichiers de la Guadeloupe n'ont pas sauvegardés sur le serveur megafauna...

Voici la localisation des données brutes pour avoir le nom des runs:

cd /media/superdisk/edna/donnees/ngs/Guadeloupe