use DEFAULT_REPOSITORY for update process

rtest.sh

@@ -726,7 +726,7 @@ if [[ "$SKIPINSTALLFLAG" == "0" ]]; then
     biocLite("phyloseq", ask=FALSE, lib.loc=Sys.getenv("R_LIBS_USER"), suppressUpdates=TRUE)
     biocLite("Rgraphviz", ask=FALSE, lib.loc=Sys.getenv("R_LIBS_USER"), suppressUpdates=TRUE)
     biocLite("supraHex", ask=FALSE, lib.loc=Sys.getenv("R_LIBS_USER"), suppressUpdates=TRUE)
-    install.packages("mpoly",lib=Sys.getenv("R_LIBS_USER"),repos="http://cran.irsn.fr/")
+    install.packages("mpoly",lib=Sys.getenv("R_LIBS_USER"),repos="'$DEFAULT_REPOSITORY'")
     ' > $DESTINATION/update.R
     $XVFBRUN_PATH -n 222 $RPATH CMD BATCH --slave --vanilla --quiet update.R