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...@@ -4,13 +4,15 @@ grep permet de compter l'occurence des '>' en début de chaque identifiant de s ...@@ -4,13 +4,15 @@ grep permet de compter l'occurence des '>' en début de chaque identifiant de s
grep -c '>' test.fa grep -c '>' test.fa
On peut également écrire un script R utilisant le package seqinr pour lire le fichier fasta et compter le nombre de séquences On peut également écrire un script R utilisant le package seqinr pour lire le fichier fasta et compter le nombre de séquences.
Ce script peut être appelé de cette manière.
Ce script peut être appelé de cette manière :
Rscript --vanilla src/countFasta.R fasta/test.fa Rscript --vanilla src/countFasta.R fasta/test.fa
On peut créer un script php pour wrapper l'appel à grep et au script R : On peut créer un script php pour wrapper l'appel à grep et au script R :
php src/count_seq.php php src/count_seq.php
L'avantage de ce wrapper est de pouvoir accéder aux résultats via un navigateur web quand ce fichier est dans un dossier servit par un serveur web apache. L'avantage de ce wrapper est de pouvoir accéder aux résultats via un navigateur web quand ce fichier est dans un dossier servit par un serveur web apache.
...@@ -21,7 +23,7 @@ Pour que cela fonctionne, il faut les éléments suivants : ...@@ -21,7 +23,7 @@ Pour que cela fonctionne, il faut les éléments suivants :
* R * R
* le package seqinr * le package seqinr
Pour être s de garantir l'environnement d'exécution de notre script, nous allons construire un container Docker dont les détails sont dans le fichier Dockerfile Pour être sûr de garantir l'environnement d'exécution de notre script, nous allons construire un container Docker dont les détails sont dans le fichier Dockerfile
Depuis le dossier contenant le fichier Dockefile on construit l'mage en tapant : Depuis le dossier contenant le fichier Dockefile on construit l'mage en tapant :
...@@ -44,7 +46,9 @@ Ajouter une sequence puis re-consulter l'URL ...@@ -44,7 +46,9 @@ Ajouter une sequence puis re-consulter l'URL
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Jusqu'ici, le script analysait les données du fichier intégré dans le container, pour travailler sur les données de l'hôte Jusqu'ici, le script analysait les données du fichier intégré dans le container, pour travailler sur les données de l'hôte.
Mettre le fichier test.fa dans un dossier fasta ex: /home/nom_utilisateur/fasta/ puis lancer :
docker run -p 80:80 -v $PWD/fasta:/var/www/html/fasta count-seq-image docker run -p 80:80 -v /home/nom_utilisateur/fasta/:/var/www/html/fasta count-seq-image
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