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khalid
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9f9676e8
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9f9676e8
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Sep 17, 2020
by
khalid
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9f9676e8
Nous allons essayer de containeuriser une application qui permet de compter le nombre de séquences dans un fichier fasta :
grep permet de compter l'occurence des '>' en début de chaque identifiant de séquence :
grep -c '>' test.fa
On peut également écrire un script R utilisant le package seqinr pour lire le fichier fasta et compter le nombre de séquences
...
...
@@ -27,18 +28,23 @@ Depuis le dossier contenant le fichier Dockefile on construit l'mage en tapant :
docker build -t count-seq-image .
Pour lancer un conteneur :
docker run -p 80:80 count-seq-image
dans votre navigateur ouvrir cette url :
127.
0.0.1/src/count-seq.php
http://127.0.0.1/src/count-seq.php
pour examiner ce qu'il y à l'intérieur du container
docker run -i -t count-seq-image /bin/bash
Ajouter une sequence puis re-consulter l'URL
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Comment travailler sur les données de l'hôte
Commenter le résultat.
Jusqu'ici, le script analysait les données du fichier intégré dans le container, pour travailler sur les données de l'hôte
docker run -p 80:80 -v $PWD/fasta:/var/www/html/fasta count-seq-image
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