Commit 9f9676e8 authored by khalid's avatar khalid
Browse files

Change REDME indents

parent 11a662cd
Nous allons essayer de containeuriser une application qui permet de compter le nombre de séquences dans un fichier fasta : Nous allons essayer de containeuriser une application qui permet de compter le nombre de séquences dans un fichier fasta :
grep permet de compter l'occurence des '>' en début de chaque identifiant de séquence : grep permet de compter l'occurence des '>' en début de chaque identifiant de séquence :
grep -c '>' test.fa grep -c '>' test.fa
On peut également écrire un script R utilisant le package seqinr pour lire le fichier fasta et compter le nombre de séquences On peut également écrire un script R utilisant le package seqinr pour lire le fichier fasta et compter le nombre de séquences
...@@ -27,18 +28,23 @@ Depuis le dossier contenant le fichier Dockefile on construit l'mage en tapant : ...@@ -27,18 +28,23 @@ Depuis le dossier contenant le fichier Dockefile on construit l'mage en tapant :
docker build -t count-seq-image . docker build -t count-seq-image .
Pour lancer un conteneur : Pour lancer un conteneur :
docker run -p 80:80 count-seq-image docker run -p 80:80 count-seq-image
dans votre navigateur ouvrir cette url : dans votre navigateur ouvrir cette url :
127.0.0.1/src/count-seq.php
http://127.0.0.1/src/count-seq.php
pour examiner ce qu'il y à l'intérieur du container pour examiner ce qu'il y à l'intérieur du container
docker run -i -t count-seq-image /bin/bash docker run -i -t count-seq-image /bin/bash
Ajouter une sequence puis re-consulter l'URL Ajouter une sequence puis re-consulter l'URL
Commenter
Comment travailler sur les données de l'hôte Commenter le résultat.
Jusqu'ici, le script analysait les données du fichier intégré dans le container, pour travailler sur les données de l'hôte
docker run -p 80:80 -v $PWD/fasta:/var/www/html/fasta count-seq-image docker run -p 80:80 -v $PWD/fasta:/var/www/html/fasta count-seq-image
Markdown is supported
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment