remove bug for bowtie SE params

files/Snakefile

@@ -8,7 +8,10 @@ import csv
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 # Wildcards #
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-
+#le nom des sample et les id ne doivent pas contenir de "/" cela evite de boucler dans les arborescences
+wildcard_constraints:
+        sample="[^\/]+",
+        id="[^\/]+"
 STEPS = config["steps"]
 PREPARE_REPORT_OUTPUTS = config["prepare_report_outputs"]
 PREPARE_REPORT_SCRIPTS = config["prepare_report_scripts"]
@@ -413,8 +416,8 @@ rule bowtie_SE:
     params:
         indexPrefix = config["bowtie_index_path"]+"/index",
         mult_align_limit = config["bowtie_mult_align_limit"],
-        best = config["bowtie_best"],
-        strata = config["bowtie_strata"]
+        best = "--best" if (config["bowtie_best"]) else "",
+        strata = "--strata" if (config["bowtie_strata"]) else ""
     shell:
         "if [ -s {input.read} ]; then "
         "bowtie "