>**Warning** Depuis l'été 2015, le cluster MBB et celui de l'ISE-M sont passés sous module pour gérer R (voir [lien](cluster.md#utiliser-module)). Il faut donc penser à précéder votre ligne de commande par ```module load R-...``` dans votre script de soumission SGE (points de suspension correspondants à la version désirée). De même, les [packages](#installer-un-package-r) doivent être installés dans votre environnement utilisateur (home).
>**Warning** Depuis l'été 2015, le cluster MBB et celui de l'ISE-M sont passés sous module pour gérer R (voir [lien](cluster.md#utiliser-module)). Il faut donc penser à précéder votre ligne de commande par `module load R-...` dans votre script de soumission SGE (points de suspension correspondants à la version désirée). De même, les [packages](#installer-un-package-r) doivent être installés dans votre environnement utilisateur (home).
# Utilisation générale de R
...
...
@@ -139,6 +139,10 @@ R CMD INSTALL -l ~/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.2/ --configure-vars="LIB
R CMD INSTALL -l ~/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.2/ rlibrary/lme4_1.1-14.tar.gz
```
## Installer un package avec dependances
Des dépendances importantes nécessiteront de passer par un [conteneur singularity](singularity.md). En effet, nous ne pouvons pas surcharger les disques de tous les noeuds en installations nombreuses et parfois exotiques (avec parfois des problèmes de stabilité, de non compatibilité entre packages ou de dépendances croisées)...
# Lectures
- Introduction à l’application des méthodes probabilistes de reconstruction phylogénétique (maximum de vraisemblance et approche Bayésienne)
