Commit 326e48b0 authored by remy's avatar remy

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# 1. Singularity utilisation
# Utilisation de Singularity
Singularity va nous permettre de faire tourner des logiciels sur le cluster à partir de conteneurs. Ces conteneurs peuvent être importés depuis docker ou fabriqués directement avec singularity. Un conteneur est une sorte de machine virtuelle très allégée qui a un isolement plus faible.
......@@ -88,12 +88,12 @@ Un petit exemple basique d'un fichier de soumission SGE/singularity serait (apr
singularity exec myfirstimage.simg myprog --myargs > myoutputfile.out
```
# 2. TP singularity avance
# TP singularity avance
Voici un TP assez avancé que j'avais fait dans le cadre de l'[ANF UST4HPC](https://ust4hpc.sciencesconf.org/), en version `2.4.6` :
https://mbb.univ-montp2.fr/ust4hpc/tpSingu.html
# 3. Rajouts classiques spécifiques au Cluster MBB et au Cluster ISEM
# Rajouts classiques specifiques au Cluster MBB et au Cluster ISEM
De manière générale, je vous conseille de rajouter le contenu suivant à votre section `%post` :
......@@ -121,7 +121,7 @@ bind path = /export/scrach
bind path = /opt/gridengine
```
## 4. OpenMPI
## OpenMPI
> Note: la version 1.6.2 n'est plus disponible depuis la mise à jour du cluster.
......@@ -139,7 +139,7 @@ Par ailleurs, si vous souhaitez utiliser MPI, il faudra utiliser la même versio
make install
```
# 5. Utilisation sur le cluster meso@lr
# Utilisation sur le cluster meso at lr
*Merci à Rémi Allio pour ses tests et ses notes*
......@@ -182,7 +182,7 @@ singularity exec --home /nfs/home/$USER:/home/$USER -B /nfs/home/$USER/:/nfs/ho
En effet, `/home/$USER` sur le noeud est un lien symbolique et nécessite l'existence du dossier cible `/nfs/home/$USER`, contenant vos fichiers, à créer et à monter dans le conteneur.
# 6. Ressources
# Ressources
- [Sources Github de Singularity](https://github.com/sylabs/singularity),
- [La documentation officielle chez Sylabs](https://www.sylabs.io/docs/),
......
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