Merge branch 'master' of gitlab.mbb.univ-montp2.fr:mbb/doc_user

docs/singularity.md

@@ -88,6 +88,33 @@ Un petit exemple basique d'un fichier de soumission SGE/singularity serait (apr
 singularity exec myfirstimage.simg myprog --myargs > myoutputfile.out
 ```
 
+# Modifier une image
+
+Souvent, pour des recettes compliquées, vous ne serez pas satisfait du résultat, ou le `build` va échoué.
+
+Dans ce cas, il faudra vérifier à quelle ligne ça ne fonctionne pas, ou mieux, repartir de l'image de base (`From: <image>`).
+
+Nous ferons alors nos tests dans un bac à sable `sandbox`, puis lorsque notre image est fonctionnelle, notre historique nous permettra ensuite shell d'écrire une nouvelle recette propre.
+
+Exemple :
+
+```bash
+singularity pull ubuntu:18.04
+sudo singularity build --sandbox ubuntu18 ubuntu_18.04.sif
+sudo singularity shell -w ubuntu18
+# on fait les opérations qui ont échoué dans la section %post
+# afin de les tester une à une et éditer la recette le cas échéant
+# pour avoir une image fonctionnelle
+```
+
+Lorsque la recette est modifiée :
+
+```bash
+sudo singularity build <image.sif> <recette.def>
+# on transfère ensuite l'image sur le cluster
+scp <image.sif> <login@adresse>:
+```
+
 # TP singularity avance
 
 Voici un TP assez avancé que j'avais fait dans le cadre de l'[ANF UST4HPC](https://ust4hpc.sciencesconf.org/), en version `2.4.6` :