Commit 7bcf8ee4 authored by remy's avatar remy
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Merge branch 'master' of gitlab.mbb.univ-montp2.fr:mbb/doc_user

parents a3836deb 4c5a77b0
......@@ -88,6 +88,33 @@ Un petit exemple basique d'un fichier de soumission SGE/singularity serait (apr
singularity exec myfirstimage.simg myprog --myargs > myoutputfile.out
```
# Modifier une image
Souvent, pour des recettes compliquées, vous ne serez pas satisfait du résultat, ou le `build` va échoué.
Dans ce cas, il faudra vérifier à quelle ligne ça ne fonctionne pas, ou mieux, repartir de l'image de base (`From: <image>`).
Nous ferons alors nos tests dans un bac à sable `sandbox`, puis lorsque notre image est fonctionnelle, notre historique nous permettra ensuite shell d'écrire une nouvelle recette propre.
Exemple :
```bash
singularity pull ubuntu:18.04
sudo singularity build --sandbox ubuntu18 ubuntu_18.04.sif
sudo singularity shell -w ubuntu18
# on fait les opérations qui ont échoué dans la section %post
# afin de les tester une à une et éditer la recette le cas échéant
# pour avoir une image fonctionnelle
```
Lorsque la recette est modifiée :
```bash
sudo singularity build <image.sif> <recette.def>
# on transfère ensuite l'image sur le cluster
scp <image.sif> <login@adresse>:
```
# TP singularity avance
Voici un TP assez avancé que j'avais fait dans le cadre de l'[ANF UST4HPC](https://ust4hpc.sciencesconf.org/), en version `2.4.6` :
......
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