Commit 7eb8787b authored by remy's avatar remy

formatage et détails

parent 016c7f44
......@@ -13,76 +13,91 @@ Pour tout travail impliquant nos services, merci d'inclure cette phrase dans vos
# HOW TO SGE
- Afficher mes jobs :
```bash
qstat
```
- Afficher tous les jobs :
```bash
qstat -u \*
```
- Avec plus de détails :
```bash
qstat -f -u \*
```
- Pour une vue résumée de la charge des queues :
```bash
qstat -g c
```
- Afficher uniquement les jobs qui tournent (état `r`) :
```bash
qstat -s r
```
- et en attente :
```bash
qstat -s p
```
- Cacher les queues vides:
- Cacher les queues vides :
```bash
qstat -ne
```
- Voir le détail pour le job dont l'identifiant est 999:
- Voir le détail pour le job dont l'identifiant est 999 :
```bash
qstat -j 999
```
- Avoir tous les details sur le job n° 999
```bash
qstat -f -j 999
```
- Afficher tous les jobs par noeud :
```bash
qhost -j
```
- Afficher tous les noeuds par queue auxquels j'ai accès (en prenant en compte la charge actuelle) :
```bash
qselect -U $USER
```
- Lister les queues disponibles :
```bash
qconf -sql
```
- Pour afficher les détails de configuration d'une queue (ici la queue `long.q`) :
```bash
qconf -sq long.q
```
- Afficher les détails sur les ressources des noeuds disponibles par queue :
```bash
qhost -q
```
- Comment choisir la queue longue (_long.q_) pour un job :
```bash
qsub -q long.q myjob.sh
# ou
......@@ -90,26 +105,31 @@ qsub -l qname=long.q myjob.sh
```
- Comment changer de queue pour un job en attente sur la queue longue :
```bash
qalter -l qname=small.q job_id
```
- Comment soumettre un executable sans passer par un script :
```bash
qsub -b y my_exe
```
- Soumission sur un noeud particulier de la file courte, par ex. sur le noeud 10 et la queue courte (_small.q_):
```bash
qsub -q small.q@compute-0-10 myjob.sh
```
- Comment lancer un job sur une machine donnée ex. sur le noeud 10 :
```bash
qsub -l hostname=compute-0-10 myjob.sh
```
- Soumettre un job 50 fois (Array of jobs) :
```bash
qsub -t 1-50 myjob.sh
```
......@@ -117,21 +137,25 @@ qsub -t 1-50 myjob.sh
<a id="comment-supprimer-des-jobs"></a>
- Suppression du job numéro 10 :
```bash
qdel 10
```
- En cas de problème, forcer la suppression du job numéro 10
- En cas de problème, forcer la suppression du job numéro 10 :
```bash
qdel -f 10
```
- Supprimer tous vos jobs :
```bash
qdel -u $USER
```
- Se connecter sur un noeud de calcul pour faire des tests (à utiliser avec parcimonie et uniquement dans le cadre d'un test ou d'une compilation/installation) :
```bash
qrsh
```
......@@ -179,8 +203,10 @@ Comment remplacer l’usage de NFS par un accès aux disques locaux ? Il faut s
#$ -cwd
#$ -e job_name.err
#$ -o job_name.out
#$ -l h_rt=999:00:00
#$ -V
export scratch=`mktemp -d /scratch/${USER}/job.XXXXXX`
export scratch=`mktemp -d /scratch/${USER}/job.$JOB_ID`
/home/$USER/test.pl > $scratch/job_output
cp -rp $scratch /home/$USER
rm -rf $scratch
......@@ -190,7 +216,7 @@ rm -rf $scratch
Exemple de code R (somme.R):
```R
```r
args<-commandArgs(TRUE);
debut = as.numeric(args[1]);
fin = as.numeric(args[2]);
......@@ -200,11 +226,13 @@ cat(sum(vect),"\n");
Exemple de script SGE (submit_somme.sge):
``` bash
```bash
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -l h_rt=999:00:00
#$ -V
version = "3.5.3"
module load R-$version
......@@ -213,8 +241,9 @@ R CMD BATCH --slave "--args $1 $2" somme.R sortie.txt
>**Info** voir comment [utiliser module](cluster.md#utiliser-module)
Lancer avec SGE pour faire la somme des entiers de 1 à 10
```
Lancer avec SGE pour faire la somme des entiers de 1 à 10 :
```bash
qsub submit_somme.sge 1 10
```
......@@ -233,6 +262,7 @@ Voir [cet article](tutombb.md#au-travers-d-un-accès-au-cluster-en-ssh). Pour le
## J'ai transféré des données texte éditées sous Windows
Il faudra les transformer avec l'outil `dos2unix`. Vous pouvez vérifier que votre fichier ne contient pas de caratères spéciaux avec `cat` :
```bash
cat -vt mon_fichier.txt
# si vous voyez des caratères tels que "^M" en fin de ligne, il faudra convertir le fichier.
......
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