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# WApps (Workflow Applications)
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Ce dépot contient les fichiers générés à partir du dépot WAW ([Workflow Application Wrapper](https://gitlab.mbb.univ-montp2.fr/mmassaviol/waw)) pour les différents workflow existants :
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- Metabarcoding (avec dada2)
- Mito_Assembler_Megahit (Megahit + MitoZ)
- MitoZ
- RADseq_ref (stacks)
- RADseq_denovo (stacks)
- RNAseq (pseudoalign (kallisto, Salmon) + expression différentielle (Edger, DESeq2))
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- Virus_Assembler_Megahit (Megahit + Blast + Mapping)
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Pour pouvoir construire un conteneur à partir de ce dépot et l'utiliser voir la doc suivante : [Construction et exécution](Documentation/How_to_build_and_run.md)