Commit 2c7ec357 authored by khalid's avatar khalid
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trimmomatic_otherparams for SE and PE

parent e4438c46
......@@ -30,7 +30,7 @@ RUN pip3 install multiqc==1.9
# Make table cells adapt to content (height and width)
ARG GET_PYTHON_VERSION="python3 --version | cut -d ' ' -f2 | cut -d'.' -f1,2 "
RUN echo "Detected Python $(eval ${GET_PYTHON_VERSION})"
RUN sed -i "739s/absolute/relative/g" /usr/local/lib/python${GET_PYTHON_VERSION}/dist-packages/multiqc/templates/default/assets/css/default_multiqc.css
RUN sed -i "739s/absolute/relative/g" /usr/local/lib/python$(eval ${GET_PYTHON_VERSION})/dist-packages/multiqc/templates/default/assets/css/default_multiqc.css
RUN Rscript -e 'install.packages("yaml",Ncpus=8,repos="https://cloud.r-project.org/");library("yaml")'
RUN Rscript -e 'install.packages("DT",Ncpus=8,repos="https://cloud.r-project.org/");library("DT")'
......
......@@ -11,6 +11,11 @@ Ce workflow peut être lancé de manière autonome sur :
* Remarquer la présence des fichiers suivants :
* Dockerfile : fichier de recettes pour la construction de l'image Docker
* Singularity.def : fichier de recettes pour la construction de l'image Singularity (nécessite les droits root)
* install.sh permet d'installer les logiciels pré-requis (à faire une seule fois si nécessaire!)
* deployBigMem.sh : permet de déployer un conteneur en mode web sur une machine de type bigmem
......@@ -19,7 +24,7 @@ Ce workflow peut être lancé de manière autonome sur :
* deployLocalHost.sh : permet de deployer sur votre machine
* waw_workflow.qsub : script de soumission d'un workflow sur le cluster MBB
* waw_workflow.qsub : script de soumission d'un workflow sur le cluster MBB (nécessite une la création de l'image singularity au préalable)
* RunCmdLine.sh : permet de déployer et executer un workflow en ligne de commande (Nous verrons cela dans une prochaine partie)
......@@ -75,12 +80,12 @@ Ce workflow peut être lancé de manière autonome sur :
***deployLocalHost.sh /home/$USER/datasets/rnaseq/ /home/$USER/result1 local***
### B/ Changer la version dun outil
### B/ Changer la version d'un outil
Les procédures d'installation des différente outils nécessaires au bon fonctionnement du workflow sont rassemblées dans un fichier de recette nommé Dockerfile.
* Ouvrir ce fichier et repérer la partie concernant l'installation de kallisto
* Liste des versions de kallisto : <https://github.com/pachterlab/kallisto/releases>
* Modifier le n° de version pour une version de kallisto plus récente
* Modifier le numéro de version pour une version de kallisto plus récente
* Relancer le conteneur avec l'option 'local' pour reconstruire l'image avec vos modifs
***deployLocalHost.sh /home/$USER/datasets/rnaseq/ /home/$USER/result1 local***
......@@ -112,7 +117,7 @@ Ce fichier peur être :
* Enregistrer vos modifs dans maconfig.yaml dans par ex. /home/$USER/results1/version2/ et sera visible dans le conteneur sous /Result/maconfig.yaml
* lancer depuis une console la ligne de commande (ici la paramètre 10 pour utiliser 10 coeurs) :
* lancer depuis une console la ligne de commande (ici le paramètre 10 pour utiliser 10 coeurs) :
***bash RunCmdLine.sh /home/$USER/datasets/rnaseq/ /home/$USER/results1/version2/ /Results/maconfig.yaml 10***
......@@ -126,7 +131,7 @@ Ce fichier peur être :
ex 1 deploiement : ***bash deployBigMem.sh /home/votrelogin/data1/ /home/votrelogin/results1/***
A lintérieur du conteneur :
A l'intérieur du conteneur :
* /home/votrelogin/data1/ -> /Data/
* /home/votrelogin/results1/ -> /Results/
......
......@@ -6,4 +6,27 @@ sudo apt-get update
sudo apt-get install -y docker.io
##### nginx install #####
sudo apt-get install -y nginx
\ No newline at end of file
sudo apt-get install -y nginx
###### Singularity install #######
sudo apt-get install -y build-essential libssl-dev uuid-dev libgpgme11-dev \
squashfs-tools libseccomp-dev wget pkg-config git cryptsetup debootstrap
#Install Go https://golang.org/ and extract to /usr/local/go
wget https://dl.google.com/go/go1.13.linux-amd64.tar.gz
sudo tar --directory=/usr/local -xzvf go1.13.linux-amd64.tar.gz
export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH
#Change version if needed
wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/v3.8.3/singularity-3.8.3.tar.gz
tar -xzvf singularity-3.8.3.tar.gz
cd singularity-3.8.3
./mconfig
cd builddir
make
sudo make install
#You can test your installation
singularity run library://godlovedc/funny/lolcow
\ No newline at end of file
......@@ -21,11 +21,8 @@ configFile=$3
cores=$4
singularityImage=$5
#if we must build the image from dockerhub image
# singularity build rnaseqde.simg docker://mbbteam/rnaseqde:latest
# or from a Dockerfile with spython helper
# pip3 install spython # if you do not have spython install it from the command line
#spython recipe Dockerfile &> Singularity.def
# If needed build singularity image
# sudo singularity build --sandbox waw-workflow Singularity.def
......
......@@ -15,7 +15,7 @@ if config["SeOrPe"] == "PE":
qc_score = config["<step_name>__trimmomatic_qc_score"],
ILLUMINACLIP = "ILLUMINACLIP:" + config["<step_name>__trimmomatic_fastaWithAdapters"] + ":" + config["<step_name>___PE"] if (config["<step_name>__trimmomatic_fastaWithAdapters"] != "") else "ILLUMINACLIP:/opt/biotools/Trimmomatic-0.38/adapters/" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaAdapters_PE"] +"PE-2.fa" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaclip_PE"],
MINLEN = "MINLEN:" + str(config["<step_name>__trimmomatic_MINLEN"]),
otherparams = config["<step_name>__trimmomatic_otherparams"]
otherparams = config["<step_name>__trimmomatic_otherparams_PE"]
threads:
config["<step_name>__trimmomatic_threads"]
shell:
......@@ -48,7 +48,7 @@ elif config["SeOrPe"] == "SE":
qc_score = config["<step_name>__trimmomatic_qc_score"],
ILLUMINACLIP = "ILLUMINACLIP:" + config["<step_name>__trimmomatic_fastaWithAdapters"] + ":" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaclip_SE"] if (config["<step_name>__trimmomatic_fastaWithAdapters"] != "") else "ILLUMINACLIP:/opt/biotools/Trimmomatic-0.38/adapters/" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaAdapters_SE"]+ "SE.fa" + config["<step_name>__trimmomatic_illuminaclip_SE"],
MINLEN = "MINLEN:" + str(config["<step_name>__trimmomatic_MINLEN"]),
otherparams = config["<step_name>__trimmomatic_otherparams"]
otherparams = config["<step_name>__trimmomatic_otherparams_SE"]
threads:
config["<step_name>__trimmomatic_threads"]
shell:
......
......@@ -82,7 +82,7 @@
label: "Specifies the minimum length of reads to be kept.",
},
{
name: trimmomatic_otherparams,
name: trimmomatic_otherparams_SE,
type: text,
value: "",
label: "(optional) See documentation for other trimmomatic parameters (LEADING, TRAILING, ...)",
......@@ -145,7 +145,7 @@
label: "Specifies the minimum length of reads to be kept.",
},
{
name: trimmomatic_otherparams,
name: trimmomatic_otherparams_SE,
type: text,
value: "",
label: "(optional) See documentation for other trimmomatic parameters (LEADING, TRAILING, ...)",
......
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