test if igv prefs file exists

tools/igv_visualize/igv_visualize.rule.snakefile

@@ -11,7 +11,7 @@ rule <step_name>__igv_visualize:
     shell:
         #plot IGV mapping res
         "cd {params.output_dir}; "
-        "sed -i 's|DEFAULT_GENOME_KEY=.*|DEFAULT_GENOME_KEY={input.genome}|' /root/igv/prefs.properties; "
+        "if [ -f /root/igv/prefs.properties ]; then sed -i 's|DEFAULT_GENOME_KEY=.*|DEFAULT_GENOME_KEY={input.genome}|' /root/igv/prefs.properties fi; "
         "cat <<-EOF > igv.batch\n"
         "new\n"
         "genome {input.genome}\n"