Module

Depuis l'été 2015, le cluster MBB et celui de l'ISE-M sont passés sous module pour gérer perl (voir lien). Il faut donc penser à précéder votre ligne de commande par module load perl... dans votre script de soumission SGE (points de suspension correspondants à la version désirée).

Environnement Perl

Perl permet de charger une variable d'environnement $PERLLIB / $PERL5LIB qui va chercher les librairies supplémentaires à cet emplacement. Il faut utiliser la commande suivante pour voir si elle est définie:

module load perl5.14
perl -V |egrep PERL5?LIB

Vous pouvez vous-même modifier cette variable d'environnement en la surchargeant pour que d'autres chemins soient pris en charge.

Exemple:

export PERL5LIB=/home/toto/lib/perl5/5.14.2:$PERL5LIB

Installation de modules Perl

Pour installer des modules perl, à nouveau, il faudra utiliser votre home. Quelques liens pour vous y aider :

Installation de plenv

plenv vous permet d'installer vos propres versions de Perl, dans votre $HOME et ainsi choisir l'installation et les binaires qui vous intéressent selon votre besoin, de la même manière que pyenv pour python.

git clone https://github.com/tokuhirom/plenv.git ~/.plenv
git clone https://github.com/tokuhirom/Perl-Build.git ~/.plenv/plugins/perl-build/
/home/loggin/.plenv/bin/plenv install 5.18.2 -Dusethreads
/home/loggin/.plenv/bin/plenv global 5.18.2

L'installation de perl prend un peu de temps.

Pour utiliser perl cela sera maintenant :

/home/loggin/.plenv/bin/plenv exec perl ./hybridScaffold.pl

Au besoin, vous pouvez aussi regarder du côté de perlbrew, qui fait à peu près la même chose que plenv.

Pour installer un module si besoin

/home/loggin/.plenv/bin/plenv install-cpanm MyPackage

la doc de plenv : https://github.com/tokuhirom/plenv