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    • Utilisation de SLURM ~ Liens utiles ~ Obtenir des informations
  • Détails sur les partitions

Prise en main rapide du cluster de calcul

Linux

Merci de vous rapporter à la section linux.

Par ailleurs, il existe de nombreux tutoriels déjà présents sur le Web. Par exemple, celui-ci.

Démarrer sur le cluster

Utilisation de SLURM

Liens utiles

Quelques liens utiles :

• Guide de conversion SGE,
• Le guide officiel de démarrage rapide avec SLURM,

D'autres ressources en français :

• Tutoriel Sourcesup,
• Le guide de Southgreen,
• Cette documentation Genotoul.

Obtenir des informations

SLURM est l'outil de gestion des job utilisé sur le cluster ISEM.

Voir les noeuds de calcul disponibles par files d'attente ou partition :

sinfo

On découvre déjà plusieurs informations importantes :

• il y a 3 partitions : mem, long et small,
• la queue par défaut est la queue long (car notée long*),
• on voit l'état des partitions, leur disponibilité, les noeuds qui les composent [*] et les durées maximales des jobs (exprimée en JJ-HH:MM:SS).

[*] valkyrie-[108-109,209-211] signifie par les exemples les noeuds valkyrie-108, valkyrie-109, valkyrie-209, valkyrie-210 et valkyrie-211.

Plus d'informations disponibles sur les queues avec sinfo -l.

Pour avoir plus de détails par noeud :

sinfo -N -l

Plusieurs états sont possibles :

• alloc : le noeud est entièrement utilisé,
• mix : le noeud est partiellement utilisé,
• idle : le noeud est en attente,
• drain : le noeud termine les jobs en cours mais n'en accepte pas de nouveau,
• down : le noeud ne répond pas.

Pour afficher des informations sur un noeud :

scontrol show node <nodename>

"<nodename>" à remplacer par le noeud dont on souhaite connaître les détails.

Voir les partitions et leurs règles :

squeue
# pour rafraichir toutes les 5s
squeue -i 5
# avec un choix des champs ordonnés
squeue -O "username,name:40,partition,nodelist,cpus-per-task,state,timeused,timelimit"
# verifier ses propres jobs
squeue -u $USER

# avec plus de détails sur les partitions
scontrol show partition
scontrol show partition small

Afficher des informations sur les jobs :

scontrol show job <job_id>

Détails sur les partitions

Le temps est exprimé en DD-HH:MM:SS

L'option --mem-per-cpu=xG (avec xG à remplacer) permet d'écraser la variable DefMemPerCPU.

Info Vous pouvez désormais passer à la section de soumission des jobs