Compter le nombre de séquences dans un fichier fasta
Fusionner deux lignes d'un fichier texte
Supprimer des lignes vides d'un fichier
Convertir des fichiers (textes) windows au format linux-windows-au-format-linux)
Supprimer une séquence d’un fichier Fasta (à l’aide d’awk))
Remplacement dans les lignes des fichiers
Supprimer certaines lignes d’un fichier
Imprimer certaines lignes d’un fichier
Afficher la taille de chaque séquence d’un fichier Fasta

Compter le nombre de séquences dans un fichier fasta

cat fichier.fasta | grep '>' | wc -l

ou plus simplement :

grep -c '^>' fichier.fasta

Fusionner deux lignes d'un fichier texte

Exemple avec sed :

sed '$!N;s/\n/\t/' fichier.txt

Exemple avec awk :

awk  '{
if (NR % 2)
printf("%s", $0)
else
printf("\t%s\n", $0)
}' fichier.txt

Supprimer des lignes vides d'un fichier

sed '/^$/d' monfichier.txt

Convertir des fichiers (textes) windows au format linux

Dans un terminal, utiliser la commande

sed -i ‘s/^M$//’ monfichier

où ^M s’obtient en faisant CTRL+V CTRL+M

Supprimer une séquence d’un fichier Fasta (à l’aide d’awk)

Supprimer une séquence en donnant son nom (sans le signe >)

seqname=bad_seq
awk ‘{
    if ( $0 ~ /^>’$seqname’$/ ){
        seq=1 ;
        while( seq == 1 ){
            getline;
            pos = index($0,’>’);
            if ( pos == 1 ){
                seq=0;
                print $0;
            }
        }
    }
    else print $0;
}
‘ test.fasta

Remplacement dans les lignes des fichiers

Changer le caractère des gaps de '-' à '*'

sed ‘s/-/*/g’ test.fasta

Faire le changement dans plusieurs fichiers d’un dossier :

find /dossier/contenant/fichiers -type f -exec sed -i ‘s/-/*/g’ {} \;

Changer les signes de début de séquence ‘>’ en ‘#’

sed ‘s/^>/#/’ test.fasta

Supprimer certaines lignes d’un fichier

Supprimer la ligne 3 d’un fichier

sed ‘3d’ test.fasta

Supprime entre le ligne 3 et 10 d’un fichier

sed ‘3,10d’ test.fasta

Supprime les noms des séquences d’un fichier fasta

sed ‘/^>/d’ test.fasta

Imprimer certaines lignes d’un fichier

Imprimer la ligne numéro 5

sed -n ‘5p’ test.fasta

Imprimer de la ligne numéro 5 à la ligne 10

sed -n ‘5,10p’ test.fasta

Imprimer juste les noms des séquences au format fasta

sed -n ‘/^>/p’ test.fasta

Imprimer juste les séquences sans les noms

sed -n ‘/^>/!p’ test.fasta

Imprimer les lignes avec 3 gaps ou plus

sed -n ‘/-\{3\}/p’ test.fasta

Afficher la taille de chaque séquence d’un fichier Fasta

while  read ligne do
    if `echo ${ligne} | grep ‘^>’ 1>/dev/null 2>&1` then
        echo $ligne
    else
        echo $ligne | wc -m
    fi
done < test.fasta

Sed/Grep/Awk