TERM

Si vous avez, comme moi, l'habitude d'utiliser vi ou vim, vous allez voir que ça pose problème sur les noeuds de calcul si vous avez fait un qrsh avant.

En fait, ça vient de la définition de la variable d'environnement TERM, qui ne semble pas initialisé correctement dans tous les cas.

Vous pouvez corriger ça assez simplement avec la commande suivante :

export TERM=xterm

Pour ne plus avoir le problème, vous pouvez même le rajouter à votre fichier .bashrc:

echo 'export TERM=xterm' >> ~/.bashrc
exec $SHELL

Et voilà !

Transfert de fichier avec croc

croc est un petit code en go permettant de tranférer des données et qui traverse les pare-feu. Bien que scp, sftp ou encore rsync suffisent dans la plupart des cas, il se peut qu'exceptionnellement ça ne soit pas suffisant.

Voici comment l'installer dans votre $HOME sur notre cluster :

cd
module load golang/1.13.1
GO111MODULE=on go get -v github.com/schollz/croc/v8

Ensuite, sur une machine depuis laquelle vous voulez transférer des données :

# après avoir installé croc sur votre machine
croc send <fichier-ou-dossier>
# vous copiez le mot de passe donné

Puis du côté de votre $HOME sur le cluster :

# en utilisant le mot de pass donné
# <baaar-blob-fooo> à remplacer par cee dernier
cd
./go/bin/croc <baaar-blob-fooo>

Bugs singularity

Si vous avez le message suivant :

FATAL: kernel too old

Essayez de changer l'image de départ de votre conteneur pour un noyau linux plus ancien.

Par exemple, si vous faites, dans votre recette, un From: ubuntu:18.04, essayez de le remplacer par From: ubuntu:16.04.

Changer de tmpdir avec singularity

$ mkdir ~/tmp
$ module load singularity
$ export SINGULARITY_TMPDIR=/home/$USER/tmp
$ singularity build forestatrisk-tropics.simg docker://ghislainv/docker-forestatrisk-tropics

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