Gestion des données et analyse de texte

Cette formation a eu lieu le 19 et 20 janvier 2015, de 13h à 18h, en salle verte au batiment 10 de l'université de montpellier 2.

Introduction

Cette formation de deux demi-journées a pour but :

  • d'une part de fournir un socle de connaissances nécessaires à l'analyse de grosses quantités de texte en ligne de commande,
  • d'autre part de maîtriser les concepts et techniques liés à la gestion des tâches dans un environnement parallèle de type cluster sous GNU/Linux.

Chaque demi-journée sera divisée en chapitres eux mêmes divisés en une partie introductive théorique suivie d'une séance de travaux pratiques encadrés et interactifs. Pendant ces travaux pratiques, libre à vous de faire les exercices proposés, d'avancer au chapitre de votre souhait ou de poser des questions sur les cas d'utilisation qui vous concernent plus particulièrement.

Cette page est un support qui respecte l'ordre dans lequel les chapitres seront abordés pendant la formation. Chaque chapitre contient une introduction explicative de l'outil ou du concept, éventuellement des liens vers une documentation plus poussée et des exemples concrets.

Programme

/!\ A revoir

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1ere demi-journée Manipulation de données Support de la 1ere demi journée
2eme demi-journée Gestion des processus Support de la 2e demi journée

Exemples

Pour les deux séances nous aurons besoin de différents fichiers compactés dans http://mbb.univ-montp2.fr/MBB/uploads/formationBash.tar.gz Cette archive contient les fichiers suivants :

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omm.fasta fichier de séquences de gènes de mammifère au format fasta extrait de la base de données orthomam
test.fastq fichier de reads au format fastq
resu.sam fichier de mapping des reads de test.fastq sur omm avec l'outil bowtie2

Machine virtuelle

La machine virtuelle utilisée pendant la formation fonctionne avec BioLinux 8.0.3. Vous pouvez la télécharger au format OVA (compatible virtualbox et vmware) ici : http://mbb.univ-montp2.fr/MBB/uploads/biolinux_vg.ova

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