error rule duplicate samples
Hello! Je suis en train de tout re-runner et j’ai un petit soucis pour un pipeline, je comprend pas bien l’erreur (sur swarm)
WorkflowError in line 287 of /media/superdisk/edna/working/eparses/snakemake_rapidrun_swarm/Snakefile:
Duplicate output file pattern in rule checkpoint_demultiplexed_samples_fastq. First two duplicate for entries 767 and 1127
File "/media/superdisk/edna/working/eparses/snakemake_rapidrun_swarm/Snakefile", line 287, in <module>on dirait que ça veut dire qu’on a duplicat des noms de samples, mais quand je vérifie sur le fichier all_samples.csv, je n’en vois pas...
voici la localisation du dossier où l’erreur est apparue
/media/superdisk/edna/working/eparses/snakemake_rapidrun_swarm
et le all_samples
/media/superdisk/edna/donnees/ngs/Eparses/metadata/all_samples.csv
sort all_samples.csv | uniq --count --repeated