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Created by vmarques@vmarquesOwner

Erreur lancement clustering

Salut,

J'ai encore un bug avec la pipeline..
Je relance tout Malpelo-fakarava sur la pipeline de snakemake rapid run car j'ai rajouté les contrôles PCR qui avaient été omis avant, et qu'on regroupe toutes les données au propre pour l'analyse globale.

Je ne comprend pas pourquoi l'analyse se stoppe au moment du clustering (etape 05_)

Voici le log du nohop (visible ici /media/superdisk/edna/working/malpelo_fakarava/snakemake_rapidrun_swarm)

/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/snakemake-5.6.0+8.g89bc383f-py3.6.egg/snakemake/workflow.py:30: SettingWithCopyWarning:
A value is trying to be set on a copy of a slice from a DataFrame.
Try using .loc[row_indexer,col_indexer] = value instead

See the caveats in the documentation: https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/indexing.html#returning-a-view-versus-a-copy
  from snakemake.utils import update_config
Building DAG of jobs...
MissingInputException in line 40 of /media/superdisk/edna/working/malpelo_fakarava/snakemake_rapidrun_swarm/05_clustering/Snakefile:
Missing input files for rule all:
02_otu_table/Malpelo/mamm/all.otu.csv
02_otu_table/Other/teleo/all.otu.csv
02_otu_table/Fakarava/vert/all.otu.csv
02_otu_table/Malpelo/chond/all.otu.csv
02_otu_table/Fakarava/teleo/all.otu.csv
02_otu_table/Fakarava/mamm/all.otu.csv
02_otu_table/Malpelo/teleo/all.otu.csv
02_otu_table/Fakarava/chond/all.otu.csv
02_otu_table/Malpelo/vert/all.otu.csv
        projet marker        projMark
0     Fakarava  chond  Fakarava/chond
1     Fakarava  chond  Fakarava/chond
2     Fakarava  chond  Fakarava/chond
3     Fakarava  chond  Fakarava/chond
4     Fakarava  chond  Fakarava/chond
...        ...    ...             ...
1790   Malpelo   vert    Malpelo/vert
1791   Malpelo   vert    Malpelo/vert
1792   Malpelo   vert    Malpelo/vert
1793   Malpelo   vert    Malpelo/vert
1794   Malpelo   vert    Malpelo/vert

[1795 rows x 3 columns]
/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/snakemake-5.6.0+8.g89bc383f-py3.6.egg/snakemake/workflow.py:30: SettingWithCopyWarning:
A value is trying to be set on a copy of a slice from a DataFrame.
Try using .loc[row_indexer,col_indexer] = value instead

See the caveats in the documentation: https://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/user_guide/indexing.html#returning-a-view-versus-a-copy
  from snakemake.utils import update_config
Building DAG of jobs...
MissingInputException in line 7 of /media/superdisk/edna/working/malpelo_fakarava/snakemake_rapidrun_swarm/00_rules/assignment.smk:
Missing input files for rule taxonomic_assign:
../05_clustering/03_otu_fasta/Fakarava/chond/all.otu.fasta
        projet marker        projMark
0     Fakarava  chond  Fakarava/chond
1     Fakarava  chond  Fakarava/chond
2     Fakarava  chond  Fakarava/chond
3     Fakarava  chond  Fakarava/chond
4     Fakarava  chond  Fakarava/chond
...        ...    ...             ...
1790   Malpelo   vert    Malpelo/vert
1791   Malpelo   vert    Malpelo/vert
1792   Malpelo   vert    Malpelo/vert
1793   Malpelo   vert    Malpelo/vert
1794   Malpelo   vert    Malpelo/vert

[1795 rows x 3 columns]
Error: Snakefile "Snakefile" not found.

A priori il y a des fichiers manquants, mais c'est normal car ils doivent être créer après d'après les rules définies.
J'ai l'impression qu'il ne lance pas les premières règles du clustering, d'où les fichiers qui apparaissent comme manquants, mais je ne comprend pas pourquoi.

Tout s'est très bien passé jusque là (étape de cat en 04_).

Merci