Pipeline Orientator (PA) : Nombre d'input (n outgroup) variable en entrée de est-sfs
Une fois le pipeline développé plusieurs pistes sont possibles
- Mettre en paramètre les inputs outgroups pour que ce soit optionnels (pb les chemin n'apparaitrons pas dans subwaw)
- Créer un blastdb_dir qui contiendrait tout les genomes outgroups et sur lesquels ont pourrait traiter en mode wildcards
- Voir si snakemake peut permettre d'avoir des inputs optionels
- Réussir à mettre dans un même répertoire tout les résultats outgroups pour les traiter par la suite en fonction du nombre.
- Créer une règle est-sfs par nombre de outgroups 1,2,3,4,n
- Ajouter un champ optional dans le yaml input qui permmettrait dans le cas ou ce n'est pas relier dans subwaw de créer la fonction other__est_sfs_inputs() avec uniquement les clés reliés dans subwaw (i.e. si le i4 de est-sfs n'est pas relié vu qu'il a le champ optionnal la fonction va être écrite sans inputs["sfs_outgroup3"] = config["other__est_sfs_sfs_outgroup3"] car pas relié).
Edited by bpenaud