Gérer le paramètre par défaut de SeOrPe dans raw_read_dir et raw_reads qui s'adapte en fontion de la rule SE ou PE
Porposition Khalid : Créer un format raw_reads_PE, raw_reads_SE, raw_read_dir_PE et raw_reads_dir_SE
Autres propositions :
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rule unique SE ou PE avec une entrée optionnel et 1 required. Si uniquement la required de reliée on est en SE, si les 2 sont reliées on est en PE
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Fonction qui détermine si PE ou SE en fonction des rules qui sont mises dans subwaw. i.e. Bowtie_PE est dans subwaw on est en PE si bowtie_SE on est en SE ...