Gérer workflow et outil utilisant SE_read_dir et PE_read_dir
Depuis la modification faite avec le remplacement des inputs raw_read_dir par PE_raw_read_dir et SE_raw_read_dir certaines briques ne fonctionnent plus car le yaml n'a pas été mis à jour. Donc il faut effectuer ce changement.
De la même manière certains workflows disponibles ne fonctionnent plus car l'input raw_read_dir n'existe plus, il faut faire l'update de ces workflows (exmple FROGS)